I am sorry if I did not frame the question correctly, but putting it very simply, is there a way to use capping residues with the charmm forcefield if the residues are --COCH3 and NHCH3?<div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 1, 2010 at 4:58 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Would it be possible to add some capping residues (like --COCH3 and --NHCH3) by writing a separate .itp file and including it in the topology file? Is there a way to make it consistent with charmm forcefield?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
No, because you have to specify bonds between these capping residues and your protein.  If you&#39;re #including them as new [moleculetypes], then you can&#39;t add these bonds.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Can this be done alternatively by modifying the .rtp file? If yes, what other operations must one do before using these .rtp files?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Reading in the manual about the file format?  I don&#39;t understand your question entirely.  All the other force fields use .rtp entries for caps, so I don&#39;t see why this couldn&#39;t be done.<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
</div>