<br><br>----- Original Message -----<br>From: Vladimir Lankevich &lt;vladimir.lankevich@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, July 1, 2010 2:39<br>Subject: [gmx-users] Gromacs to APBS<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Gromacs users,</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I need to determine electric potential on each atom, and I know that APBS has such function. I wanted to first minimize the energies through gromacs and then use the&nbsp;apbs to do the electrostatic calculations.&nbsp;Can you please tell me what file do I need to convert to pqr after&nbsp;running energy minimization? I have read in one of the letters in the archive that editconf can turn .tpr into .pqr through -mead option, but this confused me, because mdrun does not give .tpr files as output. Should I just use -c option to get a&nbsp;.pdb file and the convert it to .pqr? <br><br>Probably<br><br>&gt;Also, will this file contain water molecules inputed by gromacs? <br><br>Yes.<br><br>&gt;Will this contradict with&nbsp;apbs solvent?&nbsp;&nbsp;Thank you very much.</div><br>Probably. You can strip these with trjconv -f in.pdb -o out.pdb<br><br>Mark