<br><br>----- Original Message -----<br>From: Baofu Qiao &lt;qiaobf@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, June 30, 2010 20:57<br>Subject: Re: [gmx-users] question about Gromacs and Spectroscopy<br>To: jalemkul@vt.edu, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi Justin,<br>&gt; <br>&gt; Thanks for your reply! And sorry for the vague question due to <br>&gt; my little<br>&gt; knowledge on the spectroscopy.<br>&gt; <br>&gt; What I want to reproduce is wavenumber of C-H vibrations in alkyl<br>&gt; chains. In NMR experiments, such wavenumber is measured to be <br>&gt; 2000-3000<br>&gt; cm-1, namely in the middle region of infra red. I wonder whether <br>&gt; I can<br>&gt; reproduce it or not?<br><br>So you'll need to calculate accurate force constants of molecular vibrations of meaningful conformations.<br><br>MD might be good for getting to sample a useful set of conformations, but&nbsp; QM on the resulting conformations will give you better estimates of force constants. It sounds like you need to spend some time reading up on this stuff.<br><br>Mark