<br><br>----- Original Message -----<br>From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br>Date: Wednesday, June 30, 2010 21:55<br>Subject: [gmx-users] Re:Chain terminus<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; <br>&gt; Dear All,<br>&gt; <br>&gt; I had posted here a week or so ago, but fixed my problem, and <br>&gt; wanted to post it, and ask if somone has a better method for this:<br>&gt; <br>&gt; Basically, I have 5 different proteins A-E in a pdb file.<br>&gt; <br>&gt; I can generate a toplogy initially with pdb2gmx automated, which <br>&gt; places the NH3 and COO- terminus.<br>&gt; <br>&gt; The resulting .gro file looses the chain ID's.&nbsp; This <br>&gt; initial .gro and .top file works for runs (MD or EM). <br>&gt; <br>&gt; I then add a box and waters, and the genbox has a built in code <br>&gt; for changing the .top file to match the water, which also keeps <br>&gt; the terminal ends properly.&nbsp; These files work for runs (MD <br>&gt; and EM)<br>&gt; <br>&gt; Now, then I add Ions (Na, K, Mg, Ca, Cl).&nbsp; The .top file <br>&gt; however is not updated with genion.&nbsp; The resulting .pdb or <br><br>genion -p should do all this for you. I imagine decent tutorial material points this out...<br><br>&gt; .gro output still has no chain ID's, and there is a change in <br><br>Correct, because GROMACS doesn't care about them because it makes no post-pdb2gmx use of them.<br><br>&gt; the number/type of atoms so a new .top has to be <br>&gt; generated.&nbsp; If I use either of the new .gro or .pdb files,<br><br>No, you only need a modified .top. It's straightforward to make sure that you have #include "ions.itp" and then to edit the [molecules] section. Compare your before-and-after .top files with the diff tool to see what I mean.<br>&nbsp;<br>&gt; the terminal ends are not maintained, nor can pdb2gmx recognize <br>&gt; the terminus in the interactive session without chain IDS, and <br>&gt; the resulting .top files leed to MD and EM runs crashing, or not <br>&gt; even initiallizing.<br>&gt; <br>&gt; To get around this, I write out a .pdb, cut and paste the <br>&gt; protein portion only and add back the chain IDs, which allows <br>&gt; interactive assignment of the terminuses.&nbsp; This is however <br>&gt; time consuming, as it has to be done each time for each ion.<br>&gt; <br>&gt; I woundered if anyone knows how to do this more efficienttly, <br>&gt; like the genbox or anothe way?<br><br>genion -p or a few minutes with your .top file and a text editor post-genion would have sufficed.<br><br>&gt; Also, I probably would have not figured this out so fast without <br>&gt; the replies I had, mostly.<br><br>If you'd told us the problem was in producing a post-genion .top, then you might have been told about genion -p straight away. I don't think I ever understood why (you thought) you needed chain IDs - that could have been my oversight, but I certainly wasn't motivated to delve into your mind to find out why you wanted them. This is a good lesson in not presupposing the form of the answer to a problem when asking for help :-) Describe the real problem, not only your secondary problems with your solution approach. The "How to ask questions the smart way" website makes this advice too!<br><br>Mark