<br><br>----- Original Message -----<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Date: Thursday, July 1, 2010 9:58<br>Subject: Re: [gmx-users] Capping residues<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Sai Pooja wrote:<br>&gt; &gt;Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;1) What capping residues are recognized by charmm implemented <br>&gt; on gromacs in the latest git version?<br>&gt; <br>&gt; It looks like there aren't any.&nbsp; Check the .rtp file to be sure.<br><br>There aren't. I had a discussion with Par Bjelkmar a while back about including some, but I don't recall the outcome.<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt;I was trying to use ACE for acetyl but it is not recognized by <br>&gt; pdb2gmx.&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;2) Is it possible to define caps at residues other than those <br>&gt; at the termini?<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; What exactly do you consider a cap?&nbsp; Usually a capping <br>&gt; residue is applied only to N- and C-termini.&nbsp; If you're <br>&gt; trying to make some sort of modified sidechain, then you have to <br>&gt; look into parameterizing it yourself.<br>&gt; <br>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt;Regards<br>&gt; &gt;Pooja<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;-- <br>&gt; &gt;Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php