<br><br>----- Original Message -----<br>From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br>Date: Thursday, July 1, 2010 17:31<br>Subject: [gmx-users] Re: Re: Re:Chain Terminus<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Message: 5<br>&gt; &gt; Date: Thu, 01 Jul 2010 00:13:41 +1000<br>&gt; &gt; From: Mark Abraham &lt;mark.abraham@anu.edu.au&gt;<br>&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] Re:Chain terminus<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt; Message-ID: &lt;fbe6cb2345126.4c2bddb5@anu.edu.au&gt;<br>&gt; &gt; Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br>&gt; &gt; Date: Wednesday, June 30, 2010 21:55<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] Re:Chain terminus<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; Dear All,<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; I had posted here a week or so ago, but fixed my problem, <br>&gt; and <br>&gt; &gt; &gt; wanted to post it, and ask if somone has a better method for this:<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; Basically, I have 5 different proteins A-E in a pdb file.<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; I can generate a toplogy initially with pdb2gmx automated, <br>&gt; which <br>&gt; &gt; &gt; places the NH3 and COO- terminus.<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; The resulting .gro file looses the chain ID's.&nbsp; This <br>&gt; &gt; &gt; initial .gro and .top file works for runs (MD or EM). <br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; I then add a box and waters, and the genbox has a built in <br>&gt; code <br>&gt; &gt; &gt; for changing the .top file to match the water, which also <br>&gt; keeps <br>&gt; &gt; &gt; the terminal ends properly.&nbsp; These files work for runs <br>&gt; (MD <br>&gt; &gt; &gt; and EM)<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; Now, then I add Ions (Na, K, Mg, Ca, Cl).&nbsp; The .top <br>&gt; file <br>&gt; &gt; &gt; however is not updated with genion.&nbsp; The resulting .pdb <br>&gt; or <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; genion -p should do all this for you. I imagine decent <br>&gt; tutorial material<br>&gt; &gt; points this out...<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; .gro output still has no chain ID's, and there is a change <br>&gt; in <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Correct, because GROMACS doesn't care about them because it <br>&gt; makes no<br>&gt; &gt; post-pdb2gmx use of them.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; the number/type of atoms so a new .top has to be <br>&gt; &gt; &gt; generated.&nbsp; If I use either of the new .gro or .pdb files,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; No, you only need a modified .top. It's straightforward to <br>&gt; make sure that<br>&gt; &gt; you have #include "ions.itp" and then to edit the [molecules] <br>&gt; section.&gt; Compare your before-and-after .top files with the diff <br>&gt; tool to see what I mean.<br>&gt; &gt;&nbsp; <br>&gt; &gt; &gt; the terminal ends are not maintained, nor can pdb2gmx <br>&gt; recognize <br>&gt; &gt; &gt; the terminus in the interactive session without chain IDS, <br>&gt; and <br>&gt; &gt; &gt; the resulting .top files leed to MD and EM runs crashing, or <br>&gt; not <br>&gt; &gt; &gt; even initiallizing.<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; To get around this, I write out a .pdb, cut and paste the <br>&gt; &gt; &gt; protein portion only and add back the chain IDs, which <br>&gt; allows <br>&gt; &gt; &gt; interactive assignment of the terminuses.&nbsp; This is <br>&gt; however <br>&gt; &gt; &gt; time consuming, as it has to be done each time for each ion.<br>&gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; I woundered if anyone knows how to do this more <br>&gt; efficienttly, <br>&gt; &gt; &gt; like the genbox or anothe way?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; genion -p or a few minutes with your .top file and a text editor<br>&gt; &gt; post-genion would have sufficed.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; &gt; Also, I probably would have not figured this out so fast <br>&gt; without <br>&gt; &gt; &gt; the replies I had, mostly.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; &gt; If you'd told us the problem was in producing a post-genion <br>&gt; .top, then you<br>&gt; &gt; might have been told about genion -p straight away. I don't <br>&gt; think I ever<br>&gt; &gt; understood why (you thought) you needed chain IDs - that could <br>&gt; have been my<br>&gt; &gt; oversight, but I certainly wasn't motivated to delve into your <br>&gt; mind to find<br>&gt; &gt; out why you wanted them. This is a good lesson in not <br>&gt; presupposing the<br>&gt; &gt; form of the answer to a problem when asking for help :-) <br>&gt; Describe the real<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; problem, not only your secondary problems with your solution <br>&gt; approach. The<br>&gt; &gt; "How to ask questions the smart way" website makes this advice too!<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; (You mean with a hose and some duck tape?)<br>&gt; <br>&gt; Genion P doesn't work for me without a text editing session, so <br>&gt; is basically the same. Probably I do something wrong?&nbsp; <br><br>Sounds like it.<br><br>&gt; Theres differences in the atoms after, complaints in numbers, <br>&gt; etc...&nbsp; The Terminus in the internal chains loose atoms (ie <br>&gt; Hydrogens for NH3 and COO-, which either have to be replaced <br><br>Sounds like you're mismatching files from different stages of the system preparation. Doing each stage in a separate directory is a good way to avoid doing that.<br><br>&gt; after genion with a text editor, or just re added with something <br>&gt; like "PDB editor", a nice freeware tool I found.&nbsp; The chain <br>&gt; ID addition with PDB editor works faster, but the editor has <br>&gt; problems with larger files than 1-2 MB.<br>&gt; <br>&gt; &gt; No, you only need a modified .top. It's straightforward to <br>&gt; make sure that<br>&gt; &gt; you have #include "ions.itp" and then to edit the [molecules] <br>&gt; section.&gt; Compare your before-and-after .top files with the diff <br>&gt; tool to see what I &gt;mean.<br>&gt; <br>&gt; I did this from the biggening, it's strait forward as you <br>&gt; said.&nbsp; The problems with the tutorials is they already <br>&gt; work, and are missing a shlew of problems one may incounter when <br>&gt; doing more complicated things, etc...<br><br>Yup, that's the nature of the beast, in research.<br><br>&gt; I was doing this, comparing before and after files, most of the <br>&gt; text editors for comparing two files though will not open a 37 <br>&gt; megabyte file, let alone two for a simple comparisson.&nbsp; <br>&gt; Even Emacs has a problem.&nbsp; I basically only got number of <br>&gt; atoms 1 and atoms 2.<br><br>The file editing I was suggesting was of the .top file. You should never need to edit a post-genion coordinate file, and if you need to look at or search one, use "less", rather than an editor that needs to load the whole file.<br><br>&gt; &gt; problem, not only your secondary problems with your solution <br>&gt; approach. The<br>&gt; &gt; "How to ask questions the smart way" website makes this advice too!<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I have a smart question though, why do computer folks have an <br>&gt; insssesant need to be correct, or smart, or image based <br>&gt; things?&nbsp; Just kidding.&nbsp; It's hard to ask a question <br>&gt; when you have to look through 500,000 atoms and find the ten <br>&gt; that are missing, unless you know what to look for first.&nbsp; <br>&gt; I had assumed it was this, the terminal atoms.&nbsp; It does <br>&gt; make it a little difficult though as when adding Ions, there are <br>&gt; also another 400-500 atoms changed, and waters lost, etc....so <br>&gt; it looks like something worse is going on from somone whom <br>&gt; hasn't used gromacs much.(oh my god is blowing up)<br>&gt; <br>&gt; In the end though, both methods seem to be about the same in <br>&gt; time aspect.&nbsp; I also found you can run genion 3-5 times for <br>&gt; the varied ion additions, and then do one final text editing to <br>&gt; add the chain ID's, and use pdb2gmx only once to make the final <br>&gt; .top file.<br>&gt; <br>&gt; Thank you for the advice.¨<br><br>No worries. I still think your problem should have a trivial solution...<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -------------- next part --------------<br>&gt; &gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>&gt; &gt; URL:<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-<br>&gt; users/attachments/20100701/6c2e7dde/attachment.html&gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; gmx-users mailing list<br>&gt; &gt; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; End of gmx-users Digest, Vol 74, Issue 186<br>&gt; &gt; ******************************************<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; GMX.ch - Schweizer FreeMail-Dienst mit über 800.000 Mitgliedern<br>&gt; E-Mail &amp; mehr! Kostenlos: http://portal.gmx.net/de/go/chfreemail<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php