<br><br>----- Original Message -----<br>From: xrysostomos sfhsdfghsdfhsdgh &lt;cbatiss@yahoo.gr&gt;<br>Date: Friday, July 2, 2010 0:31<br>Subject: Re: [gmx-users] Problem with Lennard Jones cross terms<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Gaurav<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks a lot for your quick reply<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have done also what you suggested but the result is the same. I mean that I observe stronger adsorption of the polymers to the surface, when I increased the values of c6 and c12 for Si&nbsp; in the<span style="font-weight: bold;"> [atomtypes]</span>, but continue having original values in the <b>[ nonbond_params ].</b> <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>But in general, am I not able with gromacs to switch-off the LJ interactions between the polymers and the substrate?<br><br>You are able to. Either you've not done it right, or are observing phenomena unrelated to the LJ interactions. Rather than observe the position of the polymers, which may or may not indicate anything, define suitable energy groups and see what the magnitude of the LJ interactions between those groups actually are.<br><br>Mark<br></td></tr></tbody></table>