<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;saipooja@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, July 2, 2010 7:28<br>Subject: Re: [gmx-users] Capping residues<br>To: jalemkul@vt.edu, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am sorry if I did not frame the question correctly, but putting it very simply, is there a way to use capping residues with the charmm forcefield if the residues are --COCH3 and NHCH3?<br><br>Yes - you edit a copy of the .rtp file in your working directory and add whatever you want. Here's what I use in CHARMM<br><br>[ ACE ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.270&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH31&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH32&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH33&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.510&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.510&nbsp; 1<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH31<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH32<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH33<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>&nbsp;[ impropers ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br><br>[ NAC ]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.470&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.310&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.110&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH31&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH32&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH33&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.090&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HN<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH31<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH32<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HH33<br><br>&nbsp;[ impropers ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HN<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -O<br><br>Mark