<div>I used -ter option and selected &quot;none&quot; for both terminal ends but I still get this error:</div><div><br></div><div>Fatal error:</div><div>There is a dangling bond at at least one of the terminal ends. Select a proper terminal entry.</div>
<div>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</div><div> I have used Mark&#39;s definitions for capping residues in the rtp file.</div><div><br></div><div>In the pdb file, this is what the capping residues look like:</div>
<div><br></div><div><div>ATOM     33  N   CBX     5       8.609   2.722  18.430  1.00  1.60      FR1</div><div>ATOM     34  H   CBX     5       9.198   3.338  17.946  1.00  0.80      FR1</div><div>ATOM     35 CH3  CBX     5       7.176   2.594  17.895  1.00  2.17      FR1</div>
</div><div><br></div><div><div>ATOM      1  CH3 ACE     1      12.782  -0.027  28.022  1.00  2.17      FR1</div><div>ATOM      2  C   ACE     1      12.532  -0.094  26.546  1.00  2.10      FR1</div><div>ATOM      3  O   ACE     1      13.443  -0.213  25.696  1.00  1.60      FR1</div>
</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 2, 2010 at 10:50 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks Marks. I tried it but this is what I get:<br>
<br>
Fatal error:<br>
atom N not found in buiding block 1ACE while combining tdb and rtp<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
<br>
Do I need to edit the aminoacids.n.tdb file as well?<br>
</blockquote>
<br></div>
What are you choosing as your termini when running pdb2gmx?  It should be &quot;none,&quot; since by capping, you are not choosing a protonation state for the N- and C-termini.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Pooja<div class="im"><br>
<br>
<br>
On Thu, Jul 1, 2010 at 11:39 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    ----- Original Message -----<br></div><div class="im">
    From: Sai Pooja &lt;<a href="mailto:saipooja@gmail.com" target="_blank">saipooja@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:saipooja@gmail.com" target="_blank">saipooja@gmail.com</a>&gt;&gt;<br>
    Date: Friday, July 2, 2010 7:28<br>
    Subject: Re: [gmx-users] Capping residues<br></div><div><div></div><div class="h5">
    To: <a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;, Discussion list for<br>
    GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
<br>
     &gt; I am sorry if I did not frame the question correctly, but putting<br>
    it very simply, is there a way to use capping residues with the<br>
    charmm forcefield if the residues are --COCH3 and NHCH3?<br>
<br>
    Yes - you edit a copy of the .rtp file in your working directory and<br>
    add whatever you want. Here&#39;s what I use in CHARMM<br>
<br>
    [ ACE ]<br>
     [ atoms ]<br>
            CH3     CT3     -0.270  0<br>
            HH31    HA      0.090   0<br>
            HH32    HA      0.090   0<br>
            HH33    HA      0.090   0<br>
            C       C       0.510   1<br>
            O       O       -0.510  1<br>
     [ bonds ]<br>
            C       CH3<br>
            C       +N<br>
            CH3     HH31<br>
            CH3     HH32<br>
            CH3     HH33<br>
            O       C<br>
     [ impropers ]<br>
            C       CH3     +N      O<br>
<br>
    [ NAC ]<br>
     [ atoms ]<br>
           N       NH1     -0.470  1<br>
           HN      H       0.310   1<br>
           CH3     CT3     -0.110  1<br>
           HH31    HA      0.090   1<br>
           HH32    HA      0.090   1<br>
           HH33    HA      0.090   1<br>
     [ bonds ]<br>
           -C      N<br>
           N       HN<br>
           N       CH3<br>
           CH3     HH31<br>
           CH3     HH32<br>
           CH3     HH33<br>
<br>
     [ impropers ]<br>
           N       -C      CH3     HN<br>
           -C      CH3     N       -O<br>
<br>
    Mark<br>
    --<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
<br>
</div></blockquote><div class="im">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br></div><div><div></div><div class="h5">
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>