<br><br>----- Original Message -----<br>From: Hassan Shallal &lt;hshallal@PACIFIC.EDU&gt;<br>Date: Friday, July 2, 2010 17:40<br>Subject: [gmx-users] GBSA calculations<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><span dir="ltr"><p> <meta content="text/html; charset=unicode" http-equiv="Content-Type"> <style><!-- .hmmessage P { margin:0px; padding:0px } body.hmmessage { font-size: 10pt; font-family:Verdana } --></style>  <meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.7600.16588"><table><tbody><tr><td class="hmmessage"><p> </p><div dir="ltr" id="idOWAReplyText52363"> <div dir="ltr"><font color="#000000" face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Gromacs users,</font></div></div> <div dir="ltr"> <div dir="ltr" id="idOWAReplyText94359"> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am running some simulations of ligand protein systems using GBSA option for the implicit solvent.</font></div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In an MM/GBSA model, there is this equation:</font></div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>G(molecule) = G(solvations)&nbsp;+ Egas&nbsp;- TS(solute)...</strong></font></div> <div dir="ltr"><font size="3"><font face="Times New Roman"><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>G(molecule)</strong> is the total free energy of solute</font></font></div> <div dir="ltr"><font size="3"><font face="Times New Roman"><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>G(solvations)</strong> is the solvation free energy</font></font></div> <div dir="ltr"><font size="3"><font face="Times New Roman"><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Egas </strong>is the moelcular mechanical energy of the molecule summing up the electrostatic interactions, van der Waal contributions and the internal strain energy</font></font></div> <div dir="ltr"><font size="3"><font face="Times New Roman"><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>TS(solute) </strong>is the sum of TS(trans), TS(rot), and TS(vib)</font></font></div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>How can derive such a calculation from the input of my Gromacs simulation...</font></div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I looked in the mailing list, there were a couple of inquiries about this issues without reponses.</font></div> <div dir="ltr"><font face="Times New Roman" size="3"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I know those calculations can be run through Amber which I don't have an access to, so first question is, can I execute those calculations from the Gromacs&nbsp;simulation output files like from the .edr for example? and if yes, any hint or reference on how to do this would be greatly appreciated...</font><br><br>Until the release of GROMACS 4.5, this will not be available. After that release, it will surely be in the manual :-)<br><br>Mark<br></div></div></div></td></tr></tbody></table></p></span>