<br><br>----- Original Message -----<br>From: Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, July 2, 2010 14:10<br>Subject: Re: [gmx-users] B-factor<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; &gt;&gt; ATOM 12 CA SER 2 23.444 51.157 35.390 1.00257.41<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; The last column is the occupancy (1.00) and temperature factor <br>&gt; numbers&gt; concatenated. You can fix the symptoms by editing the <br>&gt; file by hand so that<br>&gt; &gt; these numbers occupy the right columns - see the PDB format.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; This illustrates buggy behaviour from GROMACS. <br>&gt; src/tools/gmx_rmsf.c probably<br>&gt; &gt; needs to call set_pdb_wide_format(TRUE) before <br>&gt; write_sto_conf_indexed().&gt; Please file a bugzilla (see GROMACS <br>&gt; webpage).&gt;<br>&gt; <br>&gt; I disagree. The PDB file is fixed width, and the format for the<br>&gt; b-factor field is %6.2f. This means that the above line is a proper<br>&gt; PDB ATOM definition. Using the Gromacs pdb_wide_format generates <br>&gt; a PDB<br>&gt; file that may not be compatible with other programs. I would argue<br><br>True. I misread what was happening with the pdbform variable and leapt to a conclusion. The observed GROMACS behaviour now looks correct. I don't recall what symptoms the OP had, but presumably they were related to the function of the correctly-formatted file with some (other) software that assumes space-delimited PDB fields.<br><br>Mark<br><br>&gt; though that Gromacs should at least warn when trying to write numbers<br>&gt; larger than 999.99 to the b-factor/occupancy field.<br>&gt; <br>&gt; Cheers,<br>&gt; <br>&gt; Tsjerk<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>&gt; <br>&gt; post-doctoral researcher<br>&gt; Molecular Dynamics Group<br>&gt; Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>&gt; University of Groningen<br>&gt; The Netherlands<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php