<br><br>----- Original Message -----<br>From: Amir Marcovitz &lt;amarcovitz@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, July 6, 2010 17:27<br>Subject: [gmx-users] Units of the Amber99 parameters<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div dir="ltr"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi All,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>sorry for the naive question, but perhaps someone can tell me what are the units of the VDW parameters (i.e., Sigma and Epsilon of the Lennard-Jones potential) in Amber force-field? <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>(I'm not sure if its kjoul/mol or kcal/mol)<br><br>GROMACS uses kJ/mol (per chapter 1 or 2 of manual) just about everywhere, including the forcefield files. You can verify this by comparing some numerical values from the Amber 99 paper with the contents of the files (hint, hint)<br><br>Mark<br></div>