<br><br>----- Original Message -----<br>From: lloyd riggs &lt;lloyd.riggs@gmx.ch&gt;<br>Date: Monday, July 5, 2010 23:36<br>Subject: [gmx-users] Re: Re: Fwd: missing atom<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Dear Abdul Wadood,<br>&gt; <br>&gt; So I had the same problem as well.&nbsp; Basically the pdb2gmx <br>&gt; adds all the hydrogens at the end anyways, despite its <br>&gt; warnings. <br><br>Of course it adds hydrogens - that's the purpose of having pdb2gmx use the .hdb hydrogen database. If you actually have evidence of buggy or contradictory behaviour, please file a bugzilla so it can be fixed :-)<br><br>&gt; The only problem you may encounter is if you <br>&gt; have multiple chains without chain IDs.<br><br>That was your problem, but it's not the only one that can happen :-)<br><br>&gt; basically, just add -ignh at the end when running a pdb2gmx <br>&gt; job.<br><br>That means pdb2gmx ignores the hydrogens present in the coordinate file, and generates all from the databases. That may or may not be a good idea in a given case.<br><br>&gt;&nbsp; If interactivly, it will ask what you want to do for <br>&gt; your ends, N and C terminus, as there are several available <br>&gt; types ( NH3, NH2+, Coo-, Cooh, etc...)<br>&gt; <br>&gt; It confused me in the beginning as well.&nbsp; If you look at <br>&gt; the out .top and .gro or .pdb you can check if they are added back.<br><br>They're always added back if pdb2gmx finishes without an error. Whether the resulting structure makes sense depends on what you've told pdb2gmx to try to do.<br><br>The original poster needs to provide their command line and GROMACS version before they can be given useful help. Before then, they should look at their LEU 2 residue and see what pdb2gmx might be complaining about.<br><br>Mark<br><br>&gt; Greetings<br>&gt; <br>&gt; Stephan Watkins<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Message: 3<br>&gt; Date: Mon, 5 Jul 2010 10:47:12 +0100<br>&gt; From: Oliver Grant &lt;olymacfoogal@gmail.com&gt;<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Fwd: missing atom<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; Message-ID:<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; &lt;AANLkTinny_z5lgLBcbtU4voXvpTFc8HphaTs8VBTDvbv@mail.gmail.com&gt;Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>&gt; <br>&gt; Dear Abdul,<br>&gt; <br>&gt; I had a similar error always with residue number 2 when using <br>&gt; the amber<br>&gt; ports in gromacs. Manually adding the hydrogen to the backbone <br>&gt; nitrogen that<br>&gt; connects to residue 1 will fix this.<br>&gt; <br>&gt; You might know how to do this but just in case here is how I do it:<br>&gt; <br>&gt; load your pdb into any builder and add the hydrogen into a reasonable<br>&gt; position(i.e no steric clash) on the nitrogen. write out a pdb. <br>&gt; I find that<br>&gt; builders can change the format of pdb's so I usually just copy <br>&gt; the H line<br>&gt; and add it into my original pdb formatting it as needed.<br>&gt; <br>&gt; It is the only H that needs to be defined. pdb2gmx will take <br>&gt; care of the<br>&gt; rest.<br>&gt; <br>&gt; I'm not sure why this happens but I didn't look too much into it <br>&gt; at the time<br>&gt; as I was learning how to use gromacs and everything was going <br>&gt; wrong :)<br>&gt; <br>&gt; Hope this helps,<br>&gt; <br>&gt; Oliver<br>&gt; <br>&gt; On 3 July 2010 16:50, Carsten Kutzner &lt;ckutzne@gwdg.de&gt; wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt; Dear Abdul,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; please keep all Gromacs-related questions on the mailing list.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Best,<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp; Carsten<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Begin forwarded message:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; *From: *"abdul wadood" &lt;wadoodbiochemist@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt; *Date: *July 3, 2010 8:40:29 AM GMT+02:00<br>&gt; &gt; *To: *&lt;ckutzne@gwdg.de&gt;<br>&gt; &gt; *Subject: **missing atom*<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Dear Carsten<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am running simulation using gromacs with amber forcefields <br>&gt; on my protein.<br>&gt; &gt; I have prepared the input file accordingly and have all the required<br>&gt; &gt; library. But the problem is that when i run pdb2gmx for the <br>&gt; top file the<br>&gt; &gt; following error come:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; WARNING: atom H is missing in residue LEU 2 in the pdb file<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; You <br>&gt; might need to add atom H to the hydrogen database of residue<br>&gt; &gt; LEU<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in the <br>&gt; file ff???.hdb<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I tried my best to solve the problem, searching on the gromacs <br>&gt; website and<br>&gt; &gt; manual but cannot succeed.<br>&gt; &gt; If you kindly help me in this respect your help will be highly <br>&gt; appreciated&gt; by our group our research.<br>&gt; &gt; the input file is attached.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Many regards<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Abdul Wadood,<br>&gt; &gt; Research Scholar,<br>&gt; &gt; Dr.Panjwani Center for Molecular Medicine and<br>&gt; &gt; Drug Research,<br>&gt; &gt; International Center for Chemical and<br>&gt; &gt; Biological Science,<br>&gt; &gt; University of Karachi, Karachi-75720, Pakistan.<br>&gt; &gt; Email:wadoodbiochemist@hotmail.com<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; -------------- next part --------------<br>&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>&gt; URL: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-<br>&gt; users/attachments/20100705/2214acfd/attachment-0001.html<br>&gt; <br>&gt; ------------------------------<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; <br>&gt; End of gmx-users Digest, Vol 75, Issue 22<br>&gt; *****************************************<br>&gt; -- <br>&gt; Sicherer, schneller und einfacher. Die aktuellen Internet-<br>&gt; Browser -<br>&gt; jetzt kostenlos herunterladen! http://portal.gmx.net/de/go/chbrowser<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php