<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Hi,</DIV>
<DIV>I am using GROMACS 4.0 for simulating a peptide having 5 residues.&nbsp; I have built the sequence using pymol and capped the peptide with CH3CO and NHCH3 at its N and C terminal respectively and save in pdb file format.&nbsp; The pdb file was used to produce *.gro and *.top files using pdb2gmx ff G43a1 -ignh&nbsp; -f *.pdb -o *.gro -p *.top -ter.&nbsp; It has shown the option NH3+, NH2 and None.&nbsp; When choosing&nbsp;"None" it flashes error as well as not producing required files i.e. *.top and *.gro.&nbsp; Gromacs has library on NH3+, NH2, None and COO-, COOH, None at N and C terminal respectively.&nbsp; I have opened the file ff G43a1.rtp and I included the option CH3.&nbsp; Accordingly I have included in the files such as&nbsp;ffG43a1-n.tdb, ffG43a1-c.tdb, ffgmx.rtp, ffgmx-n.tdb and ffgmx-c.tdb which are responsible for making *.gro and *.top files.&nbsp; It flashes error the the atom CH3&nbsp;&nbsp;in rsidue ACE&nbsp; 1&nbsp;not found
 in&nbsp;rtp entry with&nbsp;3 atoms while sorting atoms.&nbsp; Due to this I could not proceed further for simulating the peptides.&nbsp; The input *.pdb files is as:</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><FONT size=2>
<DIV>ATOM 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.453&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.461&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.313&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;C</DIV>
<DIV>ATOM 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-1.746&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.409&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-2.895&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O</DIV>
<DIV>ATOM 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.252&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-3.727&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.539&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</DIV>
<DIV>ATOM 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1HH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.215&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.582&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2HH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.844&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.532&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.947&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;H</DIV>
<DIV>ATOM 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3HH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ACE 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.281&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-3.569&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.255&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.311&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.387&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;N</DIV>
<DIV>ATOM 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.241&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.131&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;-1.387&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;C</DIV>
<DIV>ATOM 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.751&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.387&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</DIV>
<DIV>ATOM 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 2.386&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-1.913&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.650&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O</DIV>
<DIV>ATOM 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-0.297&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.376&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.151&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;C</DIV>
<DIV>ATOM 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.152&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.115&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-0.003&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;C</DIV>
<DIV>ATOM 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-0.293&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.231&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C</DIV>
<DIV>ATOM 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-1.052&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.345&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;2.135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; &nbsp; N</DIV>
<DIV>ATOM 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OE1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.069&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;3.064&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.402&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp; &nbsp; O</DIV>
<DIV>ATOM 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-3.235&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.883&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.083&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.615&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;H</DIV>
<DIV>ATOM 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2HB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.934&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.761&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3HB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-1.404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.411&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.164&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;2HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.693&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.896&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3HG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.255&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.185&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;-1.249&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.921&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.955&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.262&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.359&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.967&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00&nbsp; &nbsp;0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; H</DIV>
<DIV>ATOM 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GLN 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.483&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.268&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.00&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp; N</DIV>
<DIV>ATOM 25 CA GLN 3 3.901 -0.525 -2.069 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 26 C GLN 3 4.691 0.763 -2.064 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 27 O GLN 3 4.517 1.636 -2.911 1.00 0.00 O</DIV>
<DIV>ATOM 28 CB GLN 3 4.413 -1.484 -3.166 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 29 CG GLN 3 5.913 -1.914 -3.062 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 30 CD GLN 3 6.509 -2.817 -4.150 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 31 NE2 GLN 3 5.759 -3.230 -5.140 1.00 0.00 N</DIV>
<DIV>ATOM 32 OE1 GLN 3 7.686 -3.143 -4.125 1.00 0.00 O</DIV>
<DIV>ATOM 33 H GLN 3 2.103 0.360 -2.916 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 34 HA GLN 3 4.022 -0.995 -1.075 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 35 2HB GLN 3 4.242 -1.011 -4.156 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 36 3HB GLN 3 3.784 -2.396 -3.166 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 37 2HG GLN 3 6.102 -2.402 -2.088 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 38 3HG GLN 3 6.569 -1.025 -3.054 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 39 1HE2 GLN 3 6.248 -3.772 -5.855 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 40 2HE2 GLN 3 4.804 -2.867 -5.139 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 41 N GLN 4 5.698 0.978 -1.015 1.00 0.00 N</DIV>
<DIV>ATOM 42 CA GLN 4 6.284 2.289 -1.272 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 43 C GLN 4 7.779 2.267 -1.059 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 44 O GLN 4 8.372 1.247 -0.713 1.00 0.00 O</DIV>
<DIV>ATOM 45 CB GLN 4 5.608 3.324 -0.346 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 46 CG GLN 4 6.077 4.808 -0.510 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 47 CD GLN 4 5.494 5.882 0.418 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 48 NE2 GLN 4 4.606 5.555 1.321 1.00 0.00 N</DIV>
<DIV>ATOM 49 OE1 GLN 4 5.864 7.044 0.347 1.00 0.00 O</DIV>
<DIV>ATOM 50 H GLN 4 5.925 0.375 -0.302 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 51 HA GLN 4 6.102 2.559 -2.329 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 52 2HB GLN 4 5.767 3.012 0.708 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 53 3HB GLN 4 4.513 3.282 -0.501 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 54 2HG GLN 4 5.914 5.145 -1.550 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 55 3HG GLN 4 7.170 4.884 -0.366 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 56 1HE2 GLN 4 4.318 6.315 1.939 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 57 2HE2 GLN 4 4.391 4.557 1.374 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 58 N NME 5 8.549 3.501 -1.271 1.00 0.00 N</DIV>
<DIV>ATOM 59 CH3 NME 5 9.939 3.182 -0.995 1.00 0.00 C</DIV>
<DIV>ATOM 60 H NME 5 8.174 4.416 -1.559 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 61 1HH3 NME 5 9.998 2.334 -0.330 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 62 2HH3 NME 5 10.453 2.943 -1.915 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>ATOM 63 3HH3 NME 5 10.426 4.027 -0.530 1.00 0.00 H</DIV>
<DIV>END</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>The topology file is as</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV><FONT size=2>
<DIV>;</DIV>
<DIV>; File 'gln/gln.top' was generated</DIV>
<DIV>; By user: root (0)</DIV>
<DIV>; On host: linux-g5pu</DIV>
<DIV>; At date: Sat Mar 8 05:19:11 1980</DIV>
<DIV>;</DIV>
<DIV>; This is your topology file</DIV>
<DIV>; "Lets Kill the Fucking Band" (Tom Savini - From Dusk til Dawn) </DIV>
<DIV>;</DIV>
<DIV>; Include forcefield parameters</DIV>
<DIV>#include "ffG43a1.itp"</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Please&nbsp;suggest me to overcome this problem as to what I have to do.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>M. Baskar</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></FONT></FONT></td></tr></table><br>