<br><br>----- Original Message -----<br>From: jagannath mondal &lt;jmondal2004@yahoo.co.in&gt;<br>Date: Wednesday, July 7, 2010 16:36<br>Subject: [gmx-users] problem with trjconv -pbc cluster<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<div>&nbsp;&nbsp;I had a system of surfectants which are started with an initial configuration where all of them are well dispersed. Visual study of trajectory shows they start aggregating and finally form two discrete micelles.&nbsp;</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To quantify this micelle clusterization, I tried to use the suggestions present in the gromacs documentations:</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Micelle_Clustering</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>i.e&nbsp;</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;</div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Verdana,sans-serif; font-size: 14px;"><ol><li style="line-height: 1.25;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>use&nbsp;<code><a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/trjconv" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1">trjconv</a>&nbsp;-pbc cluster</code>&nbsp;to obtain a single frame that has all of the lipids in the  unit cell. This must be the first frame of your trajectory. A similar frame from some previous timepoint will not work.</li><li style="line-height: 1.25;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>use&nbsp;<a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/grompp" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1">grompp</a>&nbsp;to make a new tpr file based on the frame that was output from the step above.</li><li style="line-height: 1.25;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>use&nbsp;<code><a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/trjconv" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1">trjconv</a>&nbsp;-pbc nojump</code>&nbsp;to produce the desired trajectory using the newly produced tpr file.</li></ol></span><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Verdana,sans-serif; font-size: 14px;"><ol><li style="line-height: 1.25;"><code><a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/trjconv" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>trjconv</a>&nbsp;-f a.xtc -o  a_cluster.gro -e 0.001 -pbc cluster</code></li><li style="line-height: 1.25;"><code><a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/grompp" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>grompp</a>&nbsp;-f a.mdp -c a_cluster.gro -o a_cluster.tpr</code></li><li style="line-height: 1.25;"><code><a rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/trjconv" style="color: rgb(0, 84, 166);" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>trjconv</a>&nbsp;-f a.xtc -o a_cluster.xtc -s a_cluster.tpr -pbc nojump</code></li></ol><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>But, The first step i.e. trjconv -pbc cluster does not work. Looks like it is going through an infinite loop and is not stopping for convergence.<br><br>So what command did you give, what output did you get, and does the command make sense with respect to your trajectory contents?<br><br>Mark<br><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am using gromacs 4.0.7</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Any help will be appreciated.</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="monospace"><span class="Apple-style-span" style="line-height: 17px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Jagannath</span></font></div></span></div></td></tr></tbody></table><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php