Hi everyone,<br><br>I did a covariance analysis by following this link: <a href="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/analysis1.html">http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/analysis1.html</a><br>Now I want to visualize the differences between the extreme structures by doing this:<br>
<br><p class="cmd">
pymol ev?.pdb
</p>

<p>
Split the models in the pdb files and delete the originals.
</p>

<p class="pymol">
split_states ev1
</p>

<p class="pymol">
split_states ev2
</p>

<p class="pymol">
delete ev1 or ev2
</p>

<p>
Colour the models. This will result in the extreme structures from 
eigenvector 1 to be displayed in blue-green and those from eigenvector 
two 
in yellow-red. Then display them in cartoon representation.
</p>

<p class="pymol">
spectrum count
</p>

<p class="pymol">
dss
</p>

<p class="pymol">
hide everything
</p>

<p class="pymol">
show cartoon <br></p><p class="pymol"><br></p><p class="pymol">But I encountered a problem: When I do dss, pymol sends me this error message: <br></p><p class="pymol"> &quot;AssignSS-Warning: Ignoring incomplete residue ev3_apo_0002//B/218/..&quot; <br>
</p><p class="pymol">for all the residues.</p><p class="pymol">And afterwards, I can&#39;t visualize the structures in cartoon representation. <br></p><p class="pymol">Please does anyone have an idea what is the problem?</p>
<p class="pymol">PS: the 5 first eigenvectors don&#39;t account for &gt; 80% of the total motility, so could this be my problem?</p><p class="pymol"><br></p><p class="pymol">Thank you,</p><p class="pymol">Carla<br></p><p class="pymol">
<br></p><br>