<div>Dear all,</div>
<div> </div>
<div>Recently I met a strong error from gromacs. Therefore I would like to know whether you have experienced the same thing or what is the reason for that.</div>
<div> </div>
<div>The system I simulated is nvt MD for N2 (with partial charge) diffusion in a long tube (100x2.5x2.5 nm^3) at 300k. The problem is that only for some N2 concentration, I get molecules freezed in a small cluster after a few ns. I was thinking whether PME electrostatic method () does not work stably in such a long simulation box. The input parameter for PME is shown below.   </div>

<div> </div>
<div>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype              = PME<br>rcoulomb-switch          = 0<br>rcoulomb                 = 1.0<br>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field<br>
epsilon-r                = 1<br>epsilon_rf               = 1<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdw-type                 = Cut-off<br>; cut-off lengths<br>rvdw-switch              = 0<br>rvdw                     = 1.0<br>
; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr                 = No<br>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off<br>table-extension          = 1<br>; Seperate tables between energy group pairs<br>
energygrp_table          =<br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing           = 0.12<br>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>fourier_nx               = 0<br>fourier_ny               = 0<br>
fourier_nz               = 0<br>; EWALD/PME/PPPM parameters<br>pme_order                = 4<br>ewald_rtol               = 1e-05<br>ewald_geometry           = 3d<br>epsilon_surface          = 0<br>optimize_fft             = no</div>

<div> </div>
<div>please help me if you have any suggestions or solutions. many thanks.</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>best regards</div>
<div>shuai</div>