<br><br>----- Original Message -----<br>From: #ZHAO LINA# &lt;ZHAO0139@e.ntu.edu.sg&gt;<br>Date: Thursday, July 8, 2010 18:53<br>Subject: RE: [gmx-users] mpi run<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><span dir="ltr"><p>  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style> <table><tbody><tr><td ocsi="0" fpstyle="1" style=""><p> </p><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"> <div style=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>During your installation, if you use --program-suffix=_mpi, so the mdrun_mpi will work.<br><br>--program-suffix merely appends that suffix. --enable-mpi is necessary to actually create MPI-enable mdrun. It is normal to use both of them together.<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I suggest you to check the nodes of the cluster, probably try pbsnodes, on a master node no job may be run. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Note that I do not know much about your information, so the (guessing) suggestion maybe not fit for your problems, just cause I once confused about why mine 4cpus barely used before too.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Best,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> lina<br> </div> <div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;"> <hr tabindex="-1"> <div style="direction: ltr;" id="divRpF604005"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Carsten Kutzner [ckutzne@gwdg.de]<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Sent:</b> Thursday, July 08, 2010 4:04 PM<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject:</b> Re: [gmx-users] mpi run<br> </font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div> <div></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi Mahmoud, <div><br> </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>for anyone to be able to help you, you need to provide</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>a lot more information, at least:</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>- which mpi library are you using?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>- how did you compile and/or install Gromacs?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>- what commands do you use to run mdrun and what was</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>the output of it?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Best,</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;Carsten</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Jul 8, 2010, at 9:41 AM, nanogroup wrote:</div> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br class="Apple-interchange-newline"> <blockquote type="cite"> <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"> <tbody> <tr> <td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Dear GMX Users,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I have a PC with 4 CPU, but the Gromacs only use one CPU.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> the command of mpiru works on linux; however, the command of mdrun_mpi does not work.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Would you please help me how to set up the mdrun_mpi in Gromacs 4.0.4<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Many thanks,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Mahmoud<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </td> </tr> </tbody> </table> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> -- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a><br> <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</blockquote> </div> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <div><span class="Apple-style-span" style=""><span class="Apple-style-span" style=""> <div style=""> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br class="Apple-interchange-newline"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> --</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dr.&nbsp;Carsten Kutzner</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Theoretical and Computational Biophysics</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Am Fassberg 11,&nbsp;37077 Goettingen, Germany</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Tel. +49-551-2012313, Fax: +49-551-2012302</div> <div><a href="http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/ihp/ckutzne</a></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div> </div> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br class="Apple-interchange-newline"> </span><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br class="Apple-interchange-newline"> </span></div> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> </div> </div> </div> </div> </td></tr></tbody></table> </p></span> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php