<br><br>----- Original Message -----<br>From: zhongjin &lt;zhongjin1000@yahoo.com.cn&gt;<br>Date: Thursday, July 8, 2010 18:53<br>Subject: [gmx-users] mdrun_mpi: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear users,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; When I am using GROMACS 4.0.7 on the Compute node ，executing command:</div> <div><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>mpiexec -n 4&nbsp; mdrun_mpi -deffnm SWNT66nvt &gt;/dev/null &amp;<br></em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>and then met a problem :<em>mdrun_mpi: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory<br></em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>but I have added <em>export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/fc/10.1.008/lib<br></em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>in the .bash_profile, the <em>libimf.so</em> is in this directory.</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>However,when&nbsp; executing command:mdrun -deffnm SWNT66nvt &amp;，it's OK ! Anybody could help me? Thanks a lot!<br><br>Looks like the either MPI compiler is doing things differently from the normal compiler, or your execution environment does not have access to that /opt path, or even the environment variable. Consider also the use of LD_RUN_PATH - see compiler docs. It also might help to use gcc as the underlying compiler for mpicc - it's about the same as Intel - but that depends on what the underlying problem is.<br><br>Mark<br></div></td></tr></tbody></table>