<br><br>----- Original Message -----<br>From: "C. Batistakis" &lt;cbatiss@yahoo.gr&gt;<br>Date: Wednesday, July 7, 2010 23:19<br>Subject: [gmx-users] Nitrile_Butadiene_Rubber simulation using Gromos96<br>To: gromacs &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 12"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 12"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CCBATIS%7E1%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><link rel="themeData" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CCBATIS%7E1%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_themedata.thmx"><link rel="colorSchemeMapping" href="file:///C:%5CDOCUME%7E1%5CCBATIS%7E1%5CLOCALS%7E1%5CTemp%5Cmsohtmlclip1%5C01%5Cclip_colorschememapping.xml"><!--[if gte mso 9]><xml>  <w:WordDocument>   <w:View>Normal</w:View>   <w:Zoom>0</w:Zoom>   <w:TrackMoves/>   <w:TrackFormatting/>   <w:PunctuationKerning/>   <w:ValidateAgainstSchemas/>   <w:SaveIfXMLInvalid>false</w:SaveIfXMLInvalid>   <w:IgnoreMixedContent>false</w:IgnoreMixedContent>   <w:AlwaysShowPlaceholderText>false</w:AlwaysShowPlaceholderText>   <w:DoNotPromoteQF/>   <w:LidThemeOther>EN-US</w:LidThemeOther>   <w:LidThemeAsian>X-NONE</w:LidThemeAsian>   <w:LidThemeComplexScript>X-NONE</w:LidThemeComplexScript>   <w:Compatibility>    <w:BreakWrappedTables/>    <w:SnapToGridInCell/>    <w:WrapTextWithPunct/>    <w:UseAsianBreakRules/>    <w:DontGrowAutofit/>    <w:SplitPgBreakAndParaMark/>    <w:DontVertAlignCellWithSp/>    <w:DontBreakConstrainedForcedTables/>    <w:DontVertAlignInTxbx/>    <w:Word11KerningPairs/>    <w:CachedColBalance/>   </w:Compatibility>   <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel>   <m:mathPr>    <m:mathFont m:val="Cambria Math"/>    <m:brkBin m:val="before"/>    <m:brkBinSub m:val="&#45;-"/>    <m:smallFrac m:val="off"/>    <m:dispDef/>    <m:lMargin m:val="0"/>    <m:rMargin m:val="0"/>    <m:defJc m:val="centerGroup"/>    <m:wrapIndent m:val="1440"/>    <m:intLim m:val="subSup"/>    <m:naryLim m:val="undOvr"/>   </m:mathPr></w:WordDocument> </xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>  <w:LatentStyles DefLockedState="false" DefUnhideWhenUsed="true"   DefSemiHidden="true" DefQFormat="false" DefPriority="99"   LatentStyleCount="267">   <w:LsdException Locked="false" Priority="0" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Normal"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="heading 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 7"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 8"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="9" QFormat="true" Name="heading 9"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 7"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 8"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" Name="toc 9"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="35" QFormat="true" Name="caption"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="10" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Title"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="1" Name="Default Paragraph Font"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="11" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtitle"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="22" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Strong"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="20" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="59" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Table Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" UnhideWhenUsed="false" Name="Placeholder Text"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="1" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="No Spacing"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" UnhideWhenUsed="false" Name="Revision"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="34" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="List Paragraph"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="29" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Quote"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="30" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Quote"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 1"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 2"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 3"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 4"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 5"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="60" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Shading Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="61" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="62" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Light Grid Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="63" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="64" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Shading 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="65" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="66" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium List 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="67" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 1 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="68" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 2 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="69" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Medium Grid 3 Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="70" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Dark List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="71" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Shading Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="72" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful List Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="73" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" Name="Colorful Grid Accent 6"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="19" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtle Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="21" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Emphasis"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="31" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Subtle Reference"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="32" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Intense Reference"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="33" SemiHidden="false"    UnhideWhenUsed="false" QFormat="true" Name="Book Title"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="37" Name="Bibliography"/>   <w:LsdException Locked="false" Priority="39" QFormat="true" Name="TOC Heading"/>  </w:LatentStyles> </xml><![endif]--><style> <!--  /* Font Definitions */  @font-face         {font-family:"Cambria Math";         panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;         mso-font-charset:0;         mso-generic-font-family:roman;         mso-font-pitch:variable;         mso-font-signature:-1610611985 1107304683 0 0 159 0;} @font-face         {font-family:Calibri;         panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;         mso-font-charset:0;         mso-generic-font-family:swiss;         mso-font-pitch:variable;         mso-font-signature:-1610611985 1073750139 0 0 159 0;}  /* Style Definitions */  p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal         {mso-style-unhide:no;         mso-style-qformat:yes;         mso-style-parent:"";         margin-top:0in;         margin-right:0in;         margin-bottom:10.0pt;         margin-left:0in;         line-height:115%;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:11.0pt;         font-family:"Calibri","sans-serif";         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-fareast-font-family:Calibri;         mso-fareast-theme-font:minor-latin;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;         mso-bidi-font-family:"Times New Roman";         mso-bidi-theme-font:minor-bidi;} .MsoChpDefault         {mso-style-type:export-only;         mso-default-props:yes;         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-fareast-font-family:Calibri;         mso-fareast-theme-font:minor-latin;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;         mso-bidi-font-family:"Times New Roman";         mso-bidi-theme-font:minor-bidi;} .MsoPapDefault         {mso-style-type:export-only;         margin-bottom:10.0pt;         line-height:115%;} @page WordSection1         {size:8.5in 11.0in;         margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;         mso-header-margin:.5in;         mso-footer-margin:.5in;         mso-paper-source:0;} div.WordSection1         {page:WordSection1;} --> </style><!--[if gte mso 10]> <style>  /* Style Definitions */  table.MsoNormalTable         {mso-style-name:"Table Normal";         mso-tstyle-rowband-size:0;         mso-tstyle-colband-size:0;         mso-style-noshow:yes;         mso-style-priority:99;         mso-style-qformat:yes;         mso-style-parent:"";         mso-padding-alt:0in 5.4pt 0in 5.4pt;         mso-para-margin-top:0in;         mso-para-margin-right:0in;         mso-para-margin-bottom:10.0pt;         mso-para-margin-left:0in;         line-height:115%;         mso-pagination:widow-orphan;         font-size:11.0pt;         font-family:"Calibri","sans-serif";         mso-ascii-font-family:Calibri;         mso-ascii-theme-font:minor-latin;         mso-hansi-font-family:Calibri;         mso-hansi-theme-font:minor-latin;} </style> <![endif]-->  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear all<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&gt; I am trying to simulate Nitrile-Butadiene-Rubber, using the Gromos96 force field. <br></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><br></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;">Let the availability of suitable parameters choose the force field :-)<br></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><br><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&gt; I have difficulties in finding the correct parameters from the bon.itp file , in order to define the polymer in the .rtp file.</span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><br></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;">A first port of call would have been the appropriate paper for the force field - which might have made clear whether or not nitrile parameters were likely to be found.<br><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&gt; Can someone suggest which parameters I shall choose in the following:<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">In Bond-stretching parameters</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;&nbsp;&nbsp; For:</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">1)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Triple bond between Carbon and Nitrogen&nbsp;&nbsp; (gb_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">2)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Double bond &nbsp;CH=CH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (gb_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">In Bond-angle bending parameters </span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;&nbsp; For:</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">1)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH₂-CH=CH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (ga_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">2)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH-C≡N&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; (ga_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">In Dihedral-angle type code</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;&nbsp; For:</span></b><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;"><o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">1)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH₂-CH=CH-CH_{2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;}(gd_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">2)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH₂-CH-C≡N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (gd_????)<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>  <p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal;"><span style="font-size: 12pt; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,&quot;serif&quot;;">&gt; If these parameters do not exist in this force field, can you suggest me another one to use?<o:p></o:p></span></p></td></tr></tbody></table><br>As a first step, try "grep nitrile *.atp" to see which of the atom type databases have nitrile in them. AMBER forcefields are probably also OK, but you'll have to install them seperately.<br><br>Mark