<div>Hi,</div><div><br></div><div>When I start from a energy minimized protein in vacuum and solvate it using genbox, the output message says that the protein has zero charge. So I skip the genion step. I follow this with energy minimization of the solvated protein followed by restraining the protein and then doing a short mdrun (as is the usual procedure outlined in most tutorials). However, when I run the grompp command as the first step for the position restrained md, it runs but prints a note saying that the system has non-zero charge ~ -  0.9999.</div>
<div><br></div><div>NOTE 2 [file finalnoss.top, line 8070]:</div><div>  System has non-zero total charge: -9.999994e-01</div><br>I dont understand. Do I need to run the genion step anyway or is it okay to continue with this system?<div>
<br></div><div>Pooja<br><div><br></div><div>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
</div></div>