<div id="yiv736869197">Dear all,<br>
<br>
I need your favor. I have a hydrocarbon system with no charged
particles. Today In one of the GROMACS tutorials I saw the following
setting in em.mdp file:<br>
fourierspacing      =  0.12<br>
;fourier_nx          =   0<br>
;fourier_ny          =   0<br>
;fourier_nz          =   0<br>
;pme_order          =   4<br>
;ewald_rtol         =  1e-5<br>
;optimize_fft      =  yes<br>
<br>
has been used for PME . Sofar I did not even include coulombtype=PME in my em.mdp file. What I had was:<br>
constraints         =  all-bonds<br>
integrator          =  steep<br>
dt                  =  0.002    ; ps !<br>
nsteps              =  200<br>
nstlist             =  10<br>
ns_type             =  grid<br>
rlist               =  1.0<br>
rcoulomb            =  1.0<br>
rvdw                =  1.0<br>
;<br>
;       Energy minimizing stuff<br>
;<br>
emtol               =  1000.0<br>
<br>
Can you please guide me whether it is necessary to include these lines
in em file for system having only partial charges like hydrocarbon
(alkane). Also, in md.mdp file I have only coulombtype=PME and not the
above Ewald settings. Do you recommend to include those settings?
Without the mentioned lines I am getting reasonabel results (potential
energy, kinetic, ,, also T coupling works perfectly). If I had better
to unclude them what is the best value for fourierspacing? <br>
<br>
Thank you,<input id="gwProxy" type="hidden"><input id="jsProxy" type="hidden"></div><input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="if(typeof(jsCall)==&#39;function&#39;){jsCall();}else{setTimeout(&#39;jsCall()&#39;,500);}" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML">
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