<br>Dear Dr Chaban,<br><br>Thanks for your reply. If I do NPT to compress the box to the initial size (small) EM works perfectly ?<br><br> I dont exactly realize the justification behind what you said. You mean I have to change the pressure in mdp file which gives the box size I want?<br>
<br>Later, I need to perform actual NPT and NVT simulations with this packed system. Can I not do NVT with this density?<br><br>Thanks,<br>Moeed<br><br>In &quot;PE60-3.75nm3.gro&quot; enlarge the box size. Then use NPT simulation to<br>

compress the MD box.<br>-- <br><br>