<br clear="all">Hello everyone,<br><br>I am trying to energy minimize a system of 8 polyethylene molecules with 60 units. In literature density of PE is reported 0.9 gr/cm3. Based on this I need to have each single chain in 3.3 nm^3. If I put this chain in a box of 15*0.5*0.5 =3.75 nm^3 I am close to the density I want. <br>



        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 3.1  (Unix)">
        <style type="text/css">
        <!--
                @page { margin: 2cm }
                PRE.western { font-family: "Nimbus Roman No9 L", "Times New Roman", serif }
                PRE.cjk { font-family: "DejaVu Sans Mono", "Arial Unicode MS", monospace }
                PRE.ctl { font-family: "DejaVu Sans Mono", "Arial Unicode MS", monospace }
                P { margin-bottom: 0.21cm }
        -->
        </style>

<pre class="western" style="font-weight: normal; text-align: justify;">genconf -f PE60-3.75nm3.gro -nbox 1 4 2 -o PE60-3.75nm3-nbox142.gro<br><br>Now I have 8 molecules but these long chains are very packed and I get very large repulsive potential after EM.I increased nsepts to 4000 but still I have problem ( I tried different integrator algorithms as well). Later I want to work with chains much longer than 60 units and system becomes even more packed. <br>
<br>Any suggestions is appreciated.<br><br><br>Potential Energy  =  1.22210418131690e+08<br>Maximum force     =  1.23807588295471e+07 on atom 364<br>Norm of force     =  1.82513032084293e+06<br><br><br>******************************************************em.mdp<br>
<br>constraints         =  all-bonds<br>integrator          =  steep      ; use cg for conjugate gradient<br>dt                  =  0.002            ; ps ! not necessary for EM, only needed for dynamics integrator like MD<br>
nsteps              =  40000            ; 200   in minimization runs, this is just the max no. of iterations<br>nstlist             =  10               ; frequency to update neighbor list. updates every 10 steps<br>ns_type             =  grid<br>
<br>rlist               =  1.0              ; cut-off distance for short-range neighbor list<br>rcoulomb            =  1.0              ; distance for coulomb cut-off<br>rvdw                =  1.0<br><br>;       Energy minimizing stuff<br>
<br>emtol               =  1000.0           ; minimization converges when max force is smaller than this value, in units of KJ/mol.nm<br>emstep              =  0.01             ; initial step-size

<input type="hidden"><input type="hidden"></pre><div></div>