Hello, <br><br>I followed the hints. I did several NPT runs and I found out pressure above 100 eg 120 bar gives final boxsize close to volume of box I want. But I dont know why pressure given by g_energy is totally different. <br>
<br>1- I looked at values in xvg file and I notoced pressre starts froma very low value, also takes negative and postive values. If I am doing NPT why P is changing ?<br>2- at the end of xvg file I see final dimensions are 2*2*2 . Also I checked the size in ngmx and I see that long chain is compressing very nicely and takes a very convoluted conformation in a very small size. I selected 1000 ps but after 727 ps simulation stops (it seems box size can not be reduced further).However, When I open the gro file PE60_after_MD dimensions are 22*22*22! :( why is this happening?<br>
<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Angle                       725.016    41.3878    36.4581  0.0790551    67.8611<br>
Ryckaert-Bell.              231.804     29.096     25.866  0.0537685     46.155<br>LJ-14                       161.418    8.09535    7.98175 0.00545371    4.68147<br>Coulomb-14                 -87.8111    8.74814    7.24162  0.0198065    17.0019<br>
LJ (SR)                    -145.619    82.9315     38.527  -0.296365   -254.401<br>Coulomb (SR)                190.015    14.0939    11.1829 -0.0346165   -29.7149<br>Potential                   1074.82    73.9367     60.258  -0.172898   -148.416<br>
Kinetic En.                 899.733    29.9816    29.9813 0.000554359   0.475863<br>Total Energy                1974.56     67.628    52.4374  -0.172344    -147.94<br>Temperature                 299.757    9.98875    9.98864 0.000184692    0.15854<br>
<b>Pressure (bar)             -1.43379    141.354    141.205 -0.0261305   -22.4305</b><br>Cons. rmsd ()            5.12607e-06 4.18181e-07 3.98738e-07 5.08597e-10 4.3658e-07<br>Box-X                       10.7454     7.6259    2.33711 -0.0292936   -25.1457<br>
Box-Y                       10.7454     7.6259    2.33711 -0.0292936   -25.1457<br>Box-Z                       10.7454     7.6259    2.33711 -0.0292936   -25.1457<br>Density (SI)                32.6368    57.0897    38.1186   0.171508    147.222<br>
pV                         -5.00443    428.488    428.332 -0.0466916   -40.0802<br>Vir-XX                      321.928    424.592    424.396   0.051996    44.6335<br>Mu-X                     0.00138297    0.33292   0.332911 -9.74152e-06 -0.00836214<br>
Lamb-System                 1.00002 0.000363012 0.000363011 -3.17825e-09 -2.72822e-06<br>Heat Capacity Cv:      12.4926 J/mol K (factor = 0.00111041)<br><br>3- The systems seems not to be equilibrated yet. eg LJ SR remains constant for a while and goes down and its not reaching a plateau after 720 ps (where simulation stops). <br>
<br>4- When I choose p 200bar , compression continues till 420 ps. Actually chain takes a specific conformation in such a way that it can not get compressed further and simulation stops even before former trial (p 120 bar).<br>
a simple question:<br>5- About tc groups in mdpfile: actually I see people having names like protein SOL as their groups but I am wondering how I can set the name &quot;polymer&quot;. I thought this comes form the [system] or [molecule] in top file but its not so (or thought may names are coming form index file). If I want to add hexane to PE and calculate energies I need to have these two groups separately. for PE I have three residues Eth EthB EthE.Could you please tell me how can I include them in one single group &#39;Polymer&quot;? and use this name in mdp file?<br>
<br>Thanks for your help.<br><br>