Reply inline...<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 15, 2010 at 9:54 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
<br>
Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Reply inline...<div class="im"><br>
<br>
On Thu, Jul 15, 2010 at 9:41 AM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Sai Pooja wrote:<br>
<br>
        Hi,<br>
<br>
        I have a system of 3600 LJ particles in a plane (using<br>
        freeze-dimension option in z). I am running npt runs using<br>
        Semi-isotropic pressure coupling with Parrinello-Rahman<br>
        barostat. I have a few concerns:<br>
<br>
        1) On the gromacs website, a webpage mentions that this type of<br>
        pressure coupling may not be accurate<br>
<br>
<br>
    Please provide a link when making this kind of statement.<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/Programming_Guide/Barostat&amp;highlight=parrinello-rahman" target="_blank">http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/Programming_Guide/Barostat&amp;highlight=parrinello-rahman</a><br>

    &lt;<a href="http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/Programming_Guide/Barostat&amp;highlight=parrinello-rahman" target="_blank">http://www.gromacs.org/index.php?title=Developer_Zone/Programming_Guide/Barostat&amp;highlight=parrinello-rahman</a>&gt;<br>

</div></blockquote>
<br>
Bugzilla entry 14 is ancient, and has long since been resolved:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/About_Gromacs/Release_Notes/Revisions_in_4.0#Resolved_issues" target="_blank">http://www.gromacs.org/About_Gromacs/Release_Notes/Revisions_in_4.0#Resolved_issues</a><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
        2) It takes a really long time for the system to reach the<br>
        reference pressure  &gt; 500ns. Particularly the Pxx, Pyy terms are<br>
        very different and take an extremely long time to converge to a<br>
        common value.<br>
<br>
    integrator               = md<br>
    dt                       = 0.001<br>
    nsteps                   = 50000000<br>
<br>
    ; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>
    nstxout                  = 0  ; No output, except for last frame<br>
    (coordinates)<br>
    nstvout                  = 0    ; No output, except for last frame<br>
    (velocities)<br>
    nstfout                  = 0    ; No output, except for last frame<br>
    (forces)<br>
    nstlog                   = 1000000   ; Write every nth step to the log<br>
    nstenergy                = 1000000     ; Write energies at every n step<br>
    nstxtcout                = 1000000     ; Do not write a compressed tr<br>
<br>
    ; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>
    nstlist                  = 10<br>
    ns-type                  = Grid<br>
    pbc                      = xyz<br>
    rlist                    = 0.9<br>
<br>
    ; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>
    coulombtype              = Cut-off<br>
    rcoulomb                 = 1.1225<br>
    vdw-type                 = User<br>
    rvdw                     = 1.1225<br>
    table-extension          = 0<br>
<br>
    ; Temperature coupling<br>
    tcoupl                   = nose-hoover<br>
    tc-grps                  = ARAR<br>
    tau_t                    = 0.1<br>
    ref_t                    = 120.2717<br>
<br>
    ; Pressure coupling<br>
    pcoupl                   = Parrinello-Rahman<br>
    pcoupltype               = semiisotropic<br>
    tau-p                    = 1.0  1.0<br>
    compressibility          = 1e-5  0   ;Dont know<br>
    ref-p                    = 69 0<br>
<br>
<br>
    ;Generate velocities for startup run<br>
    gen_vel                  =no<br>
    gen_temp                 =120.2717<br>
    gen_seed                 =-1<br>
<br>
;Non equilibrium MD steps<br>
freezegrps              =ARAR<br>
freezedim               =N N Y <br>
;Constraints<br>
constraints             = all-bonds<br>
constraint_algorithm    = Lincs<br>
lincs_order             = 4<br>
lincs_iter              = 1<br>
lincs_warnangle         = 90  ;unconstrained_start    = no<br>
;shake_tol              = 0.0001<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
Do you run any equilibration prior to applying these parameters?  Both N-H and P-R allow for wide fluctuations in temperature and pressure, respectively, which are exacerbated by systems that are not sufficiently equilibrated.  Hence it could take a very long time if you do not equilibrate well using, i.e. a weak coupling scheme first.<br>

<br></blockquote><div><br></div><div>I usually start with a pressure nearby. For example, I start with a system which was equilibrated at p=71 and then run npt at p=69. Is that not sufficient?</div><div><br></div><div>Pooja</div>
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
<br>
<br>
 <br>
    What was your equilibration protocol?  What are your .mdp settings?<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
<br>
        Pooja<br>
<br>
        --         Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>