<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello Sir,<br>Thanks for the reply,<br>I tried to run this commad on a simuation which I started to ran for 10 ns,and has already completed around 3 ns<br>I gave<br>trjconv -o 1ns.pdb -dt 1000 -s topol.tpr -f traj.xtc -sep<br><br>after this it asked for selecting which one I want among, System, protein,bacakbone,c-alpha etc, I selected system, and the output is three files, namely<br>1ns0.pdb<br>1ns1.pdb<br>1ns2.pdb<br>1ns3.pdb<br><br>Am I doing it correct ?<br><br>Thanks<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Fri, 16/7/10, David van der Spoel <i>&lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: David van der Spoel &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] to visualise protein conformation after every 1ns<br>To: "Discussion list
 for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Friday, 16 July, 2010, 12:34 PM<br><br><div class="plainMail">On 7/16/10 9:02 AM, sonali dhindwal wrote:<br>&gt; Hello All,<br>&gt; Sorry for a dumb question,,but I have a query that I want to run a 5 ns<br>&gt; simulation on one of the protein and I want to see protein's<br>&gt; conformation after every 1 ns,i.e to have a pdb file, so how should I<br>&gt; proceed or changes should I make in mdp file.<br>&gt; Thanks<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Sonali Dhindwal<br>&gt;<br>&gt;<br>trjconv -o koko.pdb -dt 1000 -s -f -sep<br><br><br>-- <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; fax: 46 18 511
 755<br><a ymailto="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" href="/mc/compose?to=spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a ymailto="mailto:spoel@gromacs.org" href="/mc/compose?to=spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a
 ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>