<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">ok, 4 files, my mistake, I checked all the files and they have RMSD among themselves of 2-3 Angstrom, can you please explain it why it is so ?<br>Thanks<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Fri, 16/7/10, Oliver Grant <i>&lt;olymacfoogal@gmail.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Oliver Grant &lt;olymacfoogal@gmail.com&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] to visualise protein conformation after every 1ns<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Friday, 16 July, 2010, 3:36 PM<br><br><div id="yiv59826315">0ns, 1ns, 2ns and 3ns gives four files.<br><br><div class="gmail_quote">On 16 July 2010 10:47, sonali dhindwal <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:sonali11dhindwal@yahoo.co.in" target="_blank"
 href="/mc/compose?to=sonali11dhindwal@yahoo.co.in">sonali11dhindwal@yahoo.co.in</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">

Thanks Tsjerk,<br>I was confused, that why 3 files are generated as output. I will check it.<br>I appreciate what you said, I will read more.<br>Regards<br><br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Fri, 16/7/10, Tsjerk Wassenaar <i>&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</i></b> wrote:<br>

<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Tsjerk Wassenaar &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<div class="im">

<br>Subject: Re: [gmx-users] to visualise protein conformation after every 1ns<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>

</div>Date: Friday, 16 July, 2010, 1:43 PM<br><br><div><div class="im">Sonali,<br><br>Why wouldn't it be correct if you did just what David told you to do? And how would you be able to check yourself whether you were correct? We can't hold your hand here for every step you make.
 Have you already gone through the tutorial material linked on the Gromacs website? If not, please do so. In any case, try to feel more confident about yourself. You made it to academia already, didn't you?<br>
<br>Cheers,<br><br> <br><br></div><div><div></div><div class="h5"><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 16, 2010 at 9:58 AM, sonali dhindwal <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=sonali11dhindwal@yahoo.co.in">sonali11dhindwal@yahoo.co.in</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">


Hello Sir,<br>Thanks for the reply,<br>I tried to run this commad on a simuation which I started to ran for 10 ns,and has already completed around 3 ns<br>I gave<br>trjconv -o 1ns.pdb -dt 1000 -s topol.tpr -f traj.xtc -sep<br>


<br>after this it asked for selecting which one I want among, System, protein,bacakbone,c-alpha etc, I selected system, and the output is three files, namely<br>1ns0.pdb<br>1ns1.pdb<br>1ns2.pdb<br>1ns3.pdb<br><br>Am I doing it correct ?<br>


<br>Thanks<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Fri, 16/7/10, David van der Spoel <i>&lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</i></b> wrote:<br>

<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">
<br>From: David van der Spoel &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] to visualise protein conformation after every 1ns<div>

<br>To: "Discussion list
 for GROMACS users" &lt;<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>Date: Friday, 16 July, 2010, 12:34 PM<div><div></div><div><br><br><div>

On 7/16/10 9:02 AM, sonali dhindwal wrote:<br>
&gt; Hello All,<br>&gt; Sorry for a dumb question,,but I have a query that I want to run a 5 ns<br>&gt; simulation on one of the protein and I want to see protein's<br>&gt; conformation after every 1 ns,i.e to have a pdb file, so how should I<br>


&gt; proceed or changes should I make in mdp file.<br>&gt; Thanks<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Sonali Dhindwal<br>&gt;<br>&gt;<br>trjconv -o koko.pdb -dt 1000 -s -f -sep<br><br><br>-- <br>David.<br>________________________________________________________________________<br>


David van der Spoel, PhD, Professor of Biology<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,      75124 Uppsala, Sweden<br>phone:    46 18 471 4205        fax: 46 18 511
 755<br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>   <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>


++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>-- <br>gmx-users mailing list    <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>

www interface or send it to <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></div></blockquote></td></tr></tbody></table>

<br><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>


<br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br>
</div></div></div><br>-----Inline Attachment Follows-----<div class="im"><br><br><div>-- <br>gmx-users mailing list    <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></blockquote></td></tr></table><br>