<div class="gmail_quote">Hi ALL,<div><br></div><div>I have run a protein + ligand (dopamine) simulation. Now I want to calculate the free energy of binding using g_lie. But g_lie asks for two values: Elj and Eqq. How or from where can I get these values for my ligand? Also, do I need to run a simulation with only the ligand? And, is there any other way (like MMGBSA in Amber) to calculate the free energy for my simulation? Any suggestion is welcome.</div>
<div><div></div><div class="h5">
<div>Thanks a lot in advance.</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Anirban</div>
</div></div></div><br>