Hello all<br><br>I want to study protein-ligand using OPLS ff of Gromacs. For Ligand topology preparation, I am using ACPYPI where I am getting &quot;9 opls_x     1   &lt;1&gt;  C9__    9     0.056600      0.00000 ; qtot -0.253&quot; in .itp file of ligand. And thus, atomtype opls_x is not recognised which leads to falal error....<br>
<br>This C9 is of the form R1=C9H-R2 for which I also searched the ffoplsaa.atp, but did not get any luck.<br><br>Hope I made myself clear..<br>Any help will be highly appreciated.<br><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>
SUNITA GUPTA<br><br><br><br>
<input id="gwProxy" type="hidden"><input onclick="jsCall();" id="jsProxy" type="hidden"><div id="refHTML"></div>