<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">Hi Justin,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to perform umbrella sampling following your link. But when I put the command<br><font face="Arial"><font size="3"><pre>grompp -f md_umbrella.mdp -c conf0.gro -p topol.top -n index.ndx -o umbrella0.tpr<br><br>I found the the following error<br><br>No molecules were defined in the system<br><br>Could you please suggest please?<br><br>Samrat.<br></pre></font></font><br><div><br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Samrat Pal &lt;psamrat10@yahoo.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> jalemkul@vt.edu;
 Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Mon, July 19, 2010 10:00:27 AM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Need For a Script<br></font><br>
<meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="off"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div>Another thing is that I am not sure how to get the force-extension profile from the simulation trajectory? <br>Thanks<br>Samrat&nbsp; <br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Samrat Pal &lt;psamrat10@yahoo.com&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> jalemkul@vt.edu; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sun, July 18, 2010 12:21:04 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Need For a Script<br></font><br>
<div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div>I have been doing the pull simulations with your scripts and that are running fine. Thanks a lot. Can I use implicit solvent model in pulling simulations? I have gone through the mailing list and I found that it is not recommended (I may be wrong). Please suggest.<br>Thanks in advance<br>Samrat Pal <br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 13px;"><font size="2" face="Tahoma"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Fri, July 16, 2010 5:18:44
 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Need For a Script<br></font><br>
<br><br>Samrat Pal wrote:<br>&gt; Dear All,<br>&gt;&nbsp; &nbsp;  I am a new GROMACS user. I have been able to solvate a protein in a water box and also to simulate it and unfold it by heating it. But I have facing problem with the script of AFM pulling. I want to unfold a protein by pulling the two ends of the protein. Can anyone give me a full script for that so that I can standardise my protocol? Suggestion is urgent.<br><br><span><span><span><a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials#Umbrella_Sampling">http://www.gromacs.org/Documentation/Tutorials#Umbrella_Sampling</a></span></span></span><br><br>Also, as a bit of advice, don't use the word "urgent" when asking for free help.&nbsp; You're hoping someone else (who is busy) will find time to solve an issue for you.<br><br>-Justin<br><br>&gt;&nbsp; &nbsp; Thanks in advance<br>&gt; Samrat Pal<br>&gt; <br><br>-- ========================================<br><br>Justin A.
 Lemkul<br>Ph.D.
 Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://vt.edu">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><span><span><span><a target="_blank" href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a></span></span></span><br><br>========================================<br>-- gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><span><span><span><a target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></span></span></span><br><span><span><span>Please search the archive at <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before
 posting!</span></span></span><br>Please don't post
 (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><span><span><span>Can't post? Read <a target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></span></span></span><br></div></div>
</div><br>







      </div></div> 
</div><br>

      <meta http-equiv="x-dns-prefetch-control" content="on"></div></div>
</div><br>






      </body></html>