<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi Florian,<div><br></div><div>Thanks for your answer. You're right, I found I don't have lam in my usr/local/. Where I should download this package?</div><div><br></div><div>It is not coming on the developer. What I install, it is just this OpenMPI</div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Verdana, sans-serif; font-size: 14px; line-height: 17px; ">The latest OpenMPI source from&nbsp;<a rel="nofollow" title="http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.2/downloads/openmpi-1.2.8.tar.bz2" class="external free" href="http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.2/downloads/openmpi-1.2.8.tar.bz2" style="color: rgb(0, 84, 166); background-image: url(http://www.gromacs.org/skins/common/icons/icon-external.gif); background-attachment: initial; background-origin: initial; background-clip: initial; background-color: initial; padding-right: 13px; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.2/downloads/openmpi-1.2.8.tar.bz2</a></span><br><br></div><div>Could you please give the link for this OpenMPI/LAM.</div><div><br></div><div>As you advised me I disable this command&nbsp;export CPPFLAGS=-I/usr/local/openmpi/include, and I tried again, still the same error.</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Ali</div><div><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 22 Jul 2010 12:51:53 +0200<br>From: dommert@icp.uni-stuttgart.de<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: Re: [gmx-users] installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard<br><br>




  


Hello Ali,<br>
<br>
&nbsp; starting with OS X 10.5 the Developer tools included also a nicely
working distribution of OpenMPI. So as soon as the Developer Tools have
been installed on the Mac following the steps on the GROMACS website
allowed to compile parallel binaries. Taking a look at your
bash_profile open several questions. Have you installed a self compiled
version of OpenMPI and LAM, because you define corresponding
environment variables ? It is also somehow uncommon that you find
binaries in a directory usually dedicated for libraries like
/usr/local/lib. <br>
<br>
On 22.07.10 11:00, KACHMAR Ali wrote:
<blockquote cite="mid:COL115-W24979F63607F3643E9239BFEA20@phx.gbl">
  <div>&gt; &gt; export PATH=$PATH:/usr/local/lib<br>
&gt; &gt; export PATH=$PATH: /usr/bin/mpicc<br>
&gt; &gt; export PATH=$PATH:/usr/local/lam/bin/<br>
&gt; &gt; <br>
  </div>
</blockquote>
In this three lines it seems you try to define the compilers, but take
a look at your environment variable PATH. Somewhere at the beginning
you should find the directory /usr/bin as set by the system wide
bash_profile. So the configure scripts usually chooses&nbsp; the compilers
contained in this directory. In your case it will be the gcc and mpicc
compilers and linkers supplied by the Developer tools. &nbsp; <br>
<blockquote cite="mid:COL115-W24979F63607F3643E9239BFEA20@phx.gbl">
  <div>&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; export CPPFLAGS=-I/usr/local/openmpi/include<br>
&gt; &gt; <br>
  </div>
</blockquote>
<br>
Why do you involve now this header files, perhaps they do not suit to
the used version of OpenMPI ? <br>
<br>
Disable this lines in your .bash_profile open a new terminal and try
again, perhaps this solves the problem. Then we know that just the path
of the different installed MPI distributions were messed up.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Flo<br>
<br>
&gt; &gt; PS: the gcc is under the directory: /usr/local/lib or
/usr/lib.<br>
<blockquote cite="mid:COL115-W24979F63607F3643E9239BFEA20@phx.gbl">
  <div>&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; Thanks.<br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; Ali<br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; From: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Ansgar.Esztermann@mpi-bpc.mpg.de">Ansgar.Esztermann@mpi-bpc.mpg.de</a><br>
&gt; &gt; &gt; To: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; Date: Wed, 21 Jul 2010 12:15:25 +0200<br>
&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] installation: gromacs on
Mac.10.5.8 leopard<br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; On Jul 21, 2010, at 11:07 , KACHMAR Ali wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; &gt; checking whether the MPI cc command works...
configure: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; This is the immediate problem: something goes wrong when
compiling a test program with mpicc. If you look into the configure
log, you should find a more detailed explanation of what went wrong
(somewhere near the end). <br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; A.<br>
&gt; &gt; &gt; -- <br>
&gt; &gt; &gt; Ansgar Esztermann<br>
&gt; &gt; &gt; DV-Systemadministration<br>
&gt; &gt; &gt; Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie,
Abteilung 105<br>
&gt; &gt; &gt; <br>
&gt; &gt; &gt; -- <br>
&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt; &gt; <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt; &gt; Please search the archive at
<a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list.
Use the <br>
&gt; &gt; &gt; www interface or send it to
<a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt; &gt; Can't post? Read
<a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt; &gt; <br>
&gt; &gt; De nouvelles Emoticones sur Messenger ? Téléchargez
gratuitement les émoticônes Summer !<br>
&gt; <br>
&gt; -- <br>
&gt; Ansgar Esztermann<br>
&gt; DV-Systemadministration<br>
&gt; Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Abteilung 105<br>
&gt; <br>
&gt; -- <br>
&gt; gmx-users mailing list <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before
posting!<br>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
&gt; www interface or send it to <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can't post? Read <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
  </div>
&gt; &gt; <br>
  <br>
  <hr>Le nouveau Messenger arrive ! <a href="http://clk.atdmt.com/FRM/go/244627952/direct/01/">Téléchargez-le
gratuitement et découvrez ses nouvelles fonctionnalités</a></blockquote>
<br>
<br>
<pre class="ecxmoz-signature">-- 
Florian Dommert
Dipl. Phys.

Institute for Computational Physics
University Stuttgart

Pfaffenwaldring 27
70565 Stuttgart

Germany

Tel: +49 - 711 / 6856-3613
Fax: +49 - 711 / 6856-3658

EMail: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>
Home: <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a>

!! PGP-ENCODED emails preferred !!</pre></div>                                               <br /><hr />De nouvelles Emoticones sur Messenger ? <a href='http://clk.atdmt.com/FRM/go/240124507/direct/01/' target='_new'>Téléchargez gratuitement les émoticônes Summer !</a></body>
</html>