then what is the force field that suitable for my work? <br><br>Regard,<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 22, 2010 at 11:58 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: The grompp problem!! (Urgently) (Krzysztof Mlynarczyk)<br>
   2. Re: installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard (Florian Dommert)<br>
   3. Backward compatibility of charmm-ff implementation (Sai Pooja)<br>
   4. RE: installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard (KACHMAR Ali)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 22 Jul 2010 12:24:16 +0200<br>
From: Krzysztof Mlynarczyk &lt;<a href="mailto:mitomaster@gmail.com">mitomaster@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] The grompp problem!! (Urgently)<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;AANLkTinx7=iS-YuwnEO=<a href="mailto:mCkuMco0htMPfP2JBhRLWOnr@mail.gmail.com">mCkuMco0htMPfP2JBhRLWOnr@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
If this is the tutorial I have in front of my eyes, then the problem is that<br>
order of force fields changed and &quot;gromacs force field&quot; you are told to<br>
choose is no longer under &quot;0&quot; as it is deprecated. &quot;0&quot; is ffG43a1, where<br>
this atom type is not present anymore.<br>
<br>
Good luck,<br>
Chris<br>
<br>
2010/7/22 Yuranat Saikatikorn &lt;<a href="mailto:sugazy@gmail.com">sugazy@gmail.com</a>&gt;<br>
<br>
&gt; I am doing the Drug-enzyme tutorial.<br>
&gt; I also generated the drg.itp, drg.gro files using PRODRG server.<br>
&gt; However, when I use the grompp command before the energy minimization<br>
&gt; I face some error<br>
&gt;<br>
&gt;       &gt;A fatal error was shown: atom types CR61 not found<br>
&gt;<br>
&gt; The atom type CR61 is presented in the drg.itp file that I included to .top file before using grompp.<br>
&gt;<br>
&gt; What should I do to get through this error?<br>
&gt;<br>
&gt; Many thanks<br>
&gt;<br>
&gt; Yuranat,<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/966859be/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/966859be/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Thu, 22 Jul 2010 12:51:53 +0200<br>
From: Florian Dommert &lt;<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4C4822C9.30208@icp.uni-stuttgart.de">4C4822C9.30208@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Skipped content of type multipart/alternative-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: signature.asc<br>
Type: application/pgp-signature<br>
Size: 259 bytes<br>
Desc: OpenPGP digital signature<br>
Url : <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/be084e87/signature-0001.bin" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/be084e87/signature-0001.bin</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 22 Jul 2010 11:02:17 -0400<br>
From: Sai Pooja &lt;<a href="mailto:saipooja@gmail.com">saipooja@gmail.com</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Backward compatibility of charmm-ff<br>
        implementation<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:AANLkTimIsGoIgPO2PKbDYZYB5xjWtQRjFOqMWdePmQmN@mail.gmail.com">AANLkTimIsGoIgPO2PKbDYZYB5xjWtQRjFOqMWdePmQmN@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I used the git version of gromacs_with_charmm27_forcefield_nocmap(June, 20,<br>
2010) to generate .gro and .top files. I then used these files on<br>
gromacs-4.07 by copying the charmm27-ff library to my working directory.<br>
Since I was not using cmap, gb and nucleic acid and lipids I deleted those<br>
files in the charmm-ff library.<br>
<br>
I am able to use these files(.gro and .top) on gromacs-4.07 with grompp to<br>
generate .tpr files. Could this lead to errors I cannot foresee?<br>
<br>
Regards<br>
Pooja<br>
<br>
<br>
--<br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/df3b607e/attachment-0001.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/df3b607e/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 22 Jul 2010 18:58:10 +0200<br>
From: KACHMAR Ali &lt;<a href="mailto:kachmar_ali@hotmail.fr">kachmar_ali@hotmail.fr</a>&gt;<br>
Subject: RE: [gmx-users] installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard<br>
To: &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;COL115-W5640CFD9ECABA194E433B0FEA20@phx.gbl&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
<br>
Hi Florian,<br>
Thanks for your answer. You&#39;re right, I found I don&#39;t have lam in my usr/local/. Where I should download this package?<br>
It is not coming on the developer. What I install, it is just this OpenMPI<br>
The latest OpenMPI source from <a href="http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.2/downloads/openmpi-1.2.8.tar.bz2" target="_blank">http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.2/downloads/openmpi-1.2.8.tar.bz2</a><br>
<br>
Could you please give the link for this OpenMPI/LAM.<br>
As you advised me I disable this command export CPPFLAGS=-I/usr/local/openmpi/include, and I tried again, still the same error.<br>
Thanks.<br>
AliDate: Thu, 22 Jul 2010 12:51:53 +0200<br>
From: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: Re: [gmx-users] installation: gromacs on Mac.10.5.8 leopard<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Hello Ali,<br>
<br>
<br>
<br>
  starting with OS X 10.5 the Developer tools included also a nicely<br>
working distribution of OpenMPI. So as soon as the Developer Tools have<br>
been installed on the Mac following the steps on the GROMACS website<br>
allowed to compile parallel binaries. Taking a look at your<br>
bash_profile open several questions. Have you installed a self compiled<br>
version of OpenMPI and LAM, because you define corresponding<br>
environment variables ? It is also somehow uncommon that you find<br>
binaries in a directory usually dedicated for libraries like<br>
/usr/local/lib.<br>
<br>
<br>
<br>
On 22.07.10 11:00, KACHMAR Ali wrote:<br>
<br>
  &gt; &gt; export PATH=$PATH:/usr/local/lib<br>
<br>
&gt; &gt; export PATH=$PATH: /usr/bin/mpicc<br>
<br>
&gt; &gt; export PATH=$PATH:/usr/local/lam/bin/<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
<br>
<br>
In this three lines it seems you try to define the compilers, but take<br>
a look at your environment variable PATH. Somewhere at the beginning<br>
you should find the directory /usr/bin as set by the system wide<br>
bash_profile. So the configure scripts usually chooses  the compilers<br>
contained in this directory. In your case it will be the gcc and mpicc<br>
compilers and linkers supplied by the Developer tools.<br>
<br>
<br>
  &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; export CPPFLAGS=-I/usr/local/openmpi/include<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Why do you involve now this header files, perhaps they do not suit to<br>
the used version of OpenMPI ?<br>
<br>
<br>
<br>
Disable this lines in your .bash_profile open a new terminal and try<br>
again, perhaps this solves the problem. Then we know that just the path<br>
of the different installed MPI distributions were messed up.<br>
<br>
<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
<br>
<br>
Flo<br>
<br>
<br>
<br>
&gt; &gt; PS: the gcc is under the directory: /usr/local/lib or<br>
/usr/lib.<br>
<br>
<br>
  &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; Thanks.<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; Ali<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; From: <a href="mailto:Ansgar.Esztermann@mpi-bpc.mpg.de">Ansgar.Esztermann@mpi-bpc.mpg.de</a><br>
<br>
&gt; &gt; &gt; To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Date: Wed, 21 Jul 2010 12:15:25 +0200<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] installation: gromacs on<br>
Mac.10.5.8 leopard<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; On Jul 21, 2010, at 11:07 , KACHMAR Ali wrote:<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; checking whether the MPI cc command works...<br>
configure: error: Cannot compile and link MPI code with mpicc<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; This is the immediate problem: something goes wrong when<br>
compiling a test program with mpicc. If you look into the configure<br>
log, you should find a more detailed explanation of what went wrong<br>
(somewhere near the end).<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Regards,<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; A.<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; --<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Ansgar Esztermann<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; DV-Systemadministration<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie,<br>
Abteilung 105<br>
<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; --<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Please search the archive at<br>
<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list.<br>
Use the<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; www interface or send it to<br>
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
&gt; &gt; &gt; Can&#39;t post? Read<br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
&gt; &gt; De nouvelles Emoticones sur Messenger ? Téléchargez<br>
gratuitement les émoticônes Summer !<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; --<br>
<br>
&gt; Ansgar Esztermann<br>
<br>
&gt; DV-Systemadministration<br>
<br>
&gt; Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie, Abteilung 105<br>
<br>
&gt;<br>
<br>
&gt; --<br>
<br>
&gt; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
<br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
posting!<br>
<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
&gt; &gt;<br>
<br>
<br>
<br>
  Le nouveau Messenger arrive ! Téléchargez-le<br>
gratuitement et découvrez ses nouvelles fonctionnalités<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Florian Dommert<br>
Dipl. Phys.<br>
<br>
Institute for Computational Physics<br>
University Stuttgart<br>
<br>
Pfaffenwaldring 27<br>
70565 Stuttgart<br>
<br>
Germany<br>
<br>
Tel: +49 - 711 / 6856-3613<br>
Fax: +49 - 711 / 6856-3658<br>
<br>
EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>
Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/%7Eicp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br>
<br>
!! PGP-ENCODED emails preferred !!<br>
_________________________________________________________________<br>
Allumez et éteignez votre PC en un instant avec Windows 7 !<br>
<a href="http://clk.atdmt.com/FRM/go/238030931/direct/01/" target="_blank">http://clk.atdmt.com/FRM/go/238030931/direct/01/</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/d82356a8/attachment.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100722/d82356a8/attachment.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 75, Issue 117<br>
******************************************<br>
</font></blockquote></div><br>