<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Dear gmx users,<BR>
&nbsp; I am performing&nbsp;one MD simulation of a polymer system using GROMACS-4.0.7. I want to calculate the cohesive energy. According to the definition, cohesive energy can be calculated the difference in energy between the model system with and without pbc. I must perform the two separate simulations on the two systems? Or more convenient, is&nbsp;the&nbsp;procedure below&nbsp;true?<BR>
&nbsp; 1. to perform MD simulation (pbc = yes) on the model system with system and to calculate the energies (old energies)<BR>
&nbsp; 2. to edit the mdp file line: pbc = no, and to make another tpr file (new tpr file) using this mdp file<BR>
&nbsp; 3. to run mdrun -return using the old trr file and the new tpr file as the inputs to calculate the energies (new energies)<BR>
&nbsp; 4. to calculate the difference between the old and the new energies<BR>
&nbsp; please give me some hints.<BR>
&nbsp; Best regards,<BR>
&nbsp;<BR>
&nbsp; Chaofu Wu, Dr.<BR>
&nbsp; <A href="mailto:xiaowu759@hotmail.com">xiaowu759@hotmail.com</A><BR>                                               <br /><hr />使用新一代 Windows Live Messenger 轻松交流和共享! <a href='http://www.windowslive.cn/messenger/' target='_new'>立刻下载!</a></body>
</html>