I should probably withdraw my question. I did some tests on a smaller system, i.e., ligand in a cubic water box and the free energy differences between (1.5, 2) and (0.5, 1) I got are within 1KJ/mol, which might be OK for the single precision gromacs anyway. In the case of the protein complex, it appears that I might have driven the system out of its proper equilibrium.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 26, 2010 at 12:00 PM, Ilja Khavrutskii <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ivkhavru@gmail.com">ivkhavru@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>I have seen previous posts on the sc_alpha/sc_power, but they did not answer my question: why does the free energy of an alchemical transformation (the work that it takes to change state A into state B in a single leg of a thermodynamic cycle) change when I change (sc_alpha, sc_power) from (1.5, 2) to (0.5, 1). The A and B Hamiltonians should be identical at lambda 0.0 and 1.0 regardless of the values of (sc_alpha, sc_power), I think. I see differences of 40 KJ/mol in the work values averaged over 8 independent simulations that are converged to at least within 5 KJ/mol for each set of (sc_alpha, sc_power) (2 ns MD in each TI window, NPT). I am using GROMACS 4.0.5 single precision run in parallel. My system is periodic with a protein, ligand an cubic water box and I have dummy atoms only in the state B. I would appreciate any hints into this. What am I missing that would explain the difference of 40 KJ/mol for just changing parameters from (1.5, 2) to (0.5, 1). I am specifically asking about the single leg work (deltaG), not the whole thermodynamic cycle (delta-deltaG).<br>

<br>Thanks,<br><font color="#888888">-Ilja<br>
</font></blockquote></div><br>