<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I am trying to calculate Entropy from Normal Mode Analysis.<br>I minimized the structure to<br>8.41750710592449e-09<br><br>Then I calculated the normal mode (the mdp file is given below). <br><br>But when i try to calculate the Eigenvalues, I get the following warning<br><br><br>One of the lowest 6 eigenvalues has a non-zero value.<br>This could mean that the reference structure was not<br>properly energy minimized.<br>Writing eigenvalues...<br><br>I get only negative eigenvalues.<br><br>Let me also add that I used the same mdp file for minimization changing the integrator to steep, cg and finally to l-bfgs.<br><br>Best,<br>nahren<br><br>-----------------------<br>integrator&nbsp;&nbsp; &nbsp;= nm&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>constraints = none<br>define = -DFLEXIBLE<br>emtol&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.00000001
 &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.00000001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>nsteps&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 50000&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>nstlist&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ns_type&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= grid&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>rlist&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.5&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>coulombtype&nbsp;&nbsp; &nbsp;= shift&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>rcoulomb-switch&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.0&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>rvdw-switch&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.0&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>vdwtype = shift<br>rcoulomb = 1.3<br>rvdw = 1.3</td></tr></table><br>