<div dir="ltr">Yes, mdrun applies PBC at every step and some atoms at top/bottom will translate to the bottom/top at some steps. So in dynamics simulation, the polarization given by gromacs is meaningless. Is there anyway I can apply PBC without translation ( e.g. change the box center automatically to avoid translation) ? <br clear="all">

Thanks,<br>Shuangxing Dai<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 28, 2010 at 11:46 AM, Vitaly Chaban <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi Shuangxing,<br>
<br>
For my case, I wrote a script just to do +/- LBOX when x&gt;LBOX || x &lt;<br>
0. I am not well familiar with polarization algorithm in gromacs but<br>
it seems not to be a problem during a run since mdrun applies PBC at<br>
every step. Maybe I am false here...<br>
<font color="#888888"><br>
Vitaly<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Wed, Jul 28, 2010 at 6:35 PM, Shuangxing Dai &lt;<a href="mailto:shuangxingdai@gmail.com">shuangxingdai@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; I think I met the same problem. When apply periodicity to the system, some<br>
&gt; atoms will translate to the other side of the box, and this gives wrong<br>
&gt; polarization values (especially in dynamic simulations). Anyone has idea how<br>
&gt; to prevent this and get correct polarization in dynamics?<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Shuangxing Dai<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Mon, Jul 26, 2010 at 12:26 AM, Vitaly Chaban &lt;<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Is there an option in any gromacs utility to apply periodicity to the<br>
&gt;&gt; output configuration or trajectory? I want to get all the coordinates<br>
&gt;&gt; just within an elementary box, between 0 and LBOX in spite of any<br>
&gt;&gt; details of the system.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; For example, &quot;editconf -no(pbc)&quot; does not do its work since after<br>
&gt;&gt; processing negative coordinates are sometimes present as well as those<br>
&gt;&gt; bigger than LBOX.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Vitaly<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Dr. Vitaly Chaban<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>