<div dir="ltr">Hi Ehud,<br><br>Did you mean that i can simply specify Sigma and Epsilon?<br>The thing is that i didn&#39;t want to obtain a zero potential , but rather maintain the repulsive term of the LJ interaction.<br>
What would you specify then, for the C6 and C12 parameters?<br><br>Amir <br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 28, 2010 at 3:00 PM, Ehud Schreiber <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:schreib@compugen.co.il">schreib@compugen.co.il</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">








<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">

<div>

<p class="MsoNormal">Hi Amir,</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

<p class="MsoNormal">Are you sure you’re giving the parameters indeed as C_6
and C_{12}? </p>

<p class="MsoNormal">According to the combination rule in the [ defaults ]
section, you may be giving the two parameters directly as sigma and epsilon;
sigma=0 (as well as epsilon=0) would give an identically zero potential . See
sections 5.3.3 and 5.7.1 in the manual (version 4.0).</p>

<p class="MsoNormal"> </p>

</div>

</div>


<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>