Thanks -- I actually find out a way to do this. Just extract coordinate information from trajectory file in pdb (for my case, 0ps and 25ns) and compute displacement by yourself.<br><br>Greg<br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Jul 28, 2010 at 6:17 AM, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi Greg,<br>
<br>
So you want a distribution of MSD, right?<br>
<div class="im"><br>
&gt; I have trajectories which has been obtained from simulating 20,000 atoms in<br>
&gt; NVT simulation for 25ns.  I recorded the trajectory every 3ps which means<br>
&gt; that I have 60,000 data points per atom.<br>
<br>
</div>25000/3 = 8333<br>
<br>
Where do these 60k per atom come from?<br>
<div class="im"><br>
&gt;I am trying to construct a<br>
&gt; histogram where y-axis is the frequency (# of atoms) and x-axis is the mean<br>
&gt; square displacement over 25ns.<br>
&gt;<br>
&gt; I think a simple way to achieve this by looking at individual atoms and<br>
&gt; calculate its msd over 25ns and put them in a bin. But there are 20,000<br>
&gt; atoms there and 60,000 data points per atom which makes me hard to do this<br>
&gt; on a spreadsheet -- even if I cut down the data points for each atoms by two<br>
&gt; orders of magnitude, I have to deal with 12 million data points.<br>
<br>
</div>g_rmsf gives you sqrt(MSD) per atom. That should bring you quite close<br>
to what you need.<br>
Also give the manual a read once (more); there&#39;s many more tools that<br>
can do all kinds of things that may at some point be useful.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>
post-doctoral researcher<br>
Molecular Dynamics Group<br>
Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>
University of Groningen<br>
The Netherlands<br>
<font color="#888888">--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>