<div>This is from my topology file for palmitic acid.</div><div><br></div><div>You say a should make a group of all O, of OM and of HO.</div><div><br></div><div>But for the calculation I need the angle between hydrogene - donor - acceptor.</div>
<div>So my index file should be in triplets, right?? this means I should type a HO a OA a O.</div><div><br></div><div>Correct?</div><div><br></div><div>thank you</div><div><br></div><div><br></div><div>[ atoms ]</div><div>
;   nr    type   resnr  residu    atom    cgnr        charge  </div><div>     1      HO       1    PLM     H2        1     0.370        </div><div>     2      OM       1    PLM     O4        1    -0.460       </div><div>     3       C       1    PLM     C3        1     0.42        </div>
<div>     4       O       1    PLM     O5        1    -0.45        </div><div>     5     CP2       1    PLM     C4        2     0.12      </div><div>     6     CP2       1    PLM     C5        3     0      </div><div>     7     CP2       1    PLM     C6        4     0   </div>
<div>     8     CP2       1    PLM     C7        5     0<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span></div><div>     9     CP2       1    PLM     C8        6     0</div><div>    10     CP2       1    PLM     C9        7     0</div>
<div>    11     CP2       1    PLM     C10       8     0</div><div>    12     CP2       1    PLM     C11       9     0</div><div>    13     CP2       1    PLM     C12      10     0</div><div>    14     CP2       1    PLM     C13      11     0</div>
<div>    15     CP2       1    PLM     C14      12     0</div><div>    16     CP2       1    PLM     C15      13     0</div><div>    17     CP2       1    PLM     C16      14     0</div><div>    18     CP2       1    PLM     C17      15     0</div>
<div>    19     CP3       1    PLM     C18      16     0</div><div><br></div>