Hi Rossen,<div><br></div><div>Could you send me a documentation of memory usage by gromacs-4.5-beta1. I would like to know the maximum no. of atoms that we can simulate on our university supercomputer.</div><div><br></div>
<div>amit<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 30, 2010 at 12:20 PM, Rossen Apostolov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rossen.apostolov@cbr.su.se">rossen.apostolov@cbr.su.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">


  

    
  
  <div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    <br>
    After months of hard work and 2449 patches, the new
    gromacs-4.5-beta1 is out! <br>
    <br>
    It is full of many new and exciting features, please try them out!<br>
    <br>
    If something is not working as expected, please send a mail or file
    a bugzilla report.<br>
    <br>
    For developers: there is a new branch for stable releases called
    &quot;release-4-5-patches&quot;. Bugfixes should be applied there <b>*first*</b>,
    and if needed, merged from that branch into the master after the
    fix. See
    <a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial#Bugfixes" target="_blank">http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Git/Git_Tutorial#Bugfixes</a> for
    more information.<br>
    <br>
    <br>
    New features:<br>
    <ul>
      <li>2D decomposition support for PME: improved load balancing with
        up to 40% overall performance improvement for large systems.</li>
      <li>Memory usage is improved for very large systems, allowing
        simulations of &gt;100 million atoms. </li>
      <li>Running on multi-core nodes now automatically uses threads for
        domain decomposition through the built-in threaded MPI library</li>
      <li>GPU computing support</li>
      <li>Check-pointing is made more secure:MD5sum are used to verify
        that all files are correctly in-place before a simulation is
        appended. Output file appending at continuation is turned on by
        default</li>
      <li>Full Cmake support. Autoconf/automake will be deprecated after
        the final 4.5 release!</li>
      <li>Full support for 7 AMBER force fields</li>
      <li>Support for CHARMM27, including cmap for dihedrals</li>
      <li>Efficient Generalized-Born implicit solvent support including
        the Still/HCT/OBC-models to compute the Born radii, a novel way
        of tabulating the generalized Born-interaction formula for
        greater speed, and optimized SSE-routines for both cut-off and
        all-vs-all simulations.</li>
      <li>Support for nucleic acid simulations</li>
      <li>Support for Velocity-Verlet integrators for reversible T- and
        P-coupling; MTTK pressure control integrators; Nose-Hoover
        chains</li>
      <li>Support for Bennett acceptance ratio (BAR) free energy
        calculations</li>
      <li>Decoupling group setup for free energy</li>
      <li>File formats: All GROMACS tools can now read any VMD supported
        trajectory format, without converting trajectory first. (VMD is
        required)</li>
      <li>g_rdf was a little bit enhanced that structure factors can be
        calculated for any system, by supplying the necessary data via
        sfactor.dat. Most of the common atomtypes are already contained,
        but everybody who needs more freedom can enhance the table</li>
      <li>Library support for &quot;dynamic index groups&quot; based on textual
        selections (experimental feature). See the tool g_select, the
        included template.c, or Doxygen documentation for information on
        how to write analysis tools using the library. Existing tools
        have not (yet) been converted.</li>
      <li>g_tune_pme: For a given number of processes or threads this
        tool systematically times mdrun with various numbers of PME-only
        nodes and determines which setting is fastest. It also checks
        whether performance can be enhanced by shifting load between the
        real and the reciprocal space part of the Ewald sum.</li>
      <li>g_membed: a very convenient utility for embedding membrane
        proteins into equilibrated lipid bilayers</li>
    </ul>
    <br>
    Big thanks to all developers, contributors and users!<br>
  </div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>