Dear friends,<br><br>I have pulled a ligand through the channel. Here i kept one residue at the mouth of the channel as reference and group1 is one of the atom in the side chain of the ligand.<br><br>Now I have the pullx file,( and here 1dz is the z coordinate of group1-group0), but here I would like to have z-coordiante of the ligand(instead of the single atom at the side chain)-group1. Becuase I beleive , that will give the correct position of the ligand (please correct me if I am wrong)<br>
<br>Is there any way to do this without running the SMD again?<br><br>I have plotted the g_dist between the reference group and the ligand. But that does not take the place of pullx. Please give your suggestions.<br><br>Thanks,<br>
<br><br clear="all"><br>-- <br>Aswathy<br>