<pre style="font-family: georgia,serif;">Hi All!<br><br>I do my md simulation but the protein moves out of the box, so it seems that the protein is broken in .trr and .xtc file. I try to use trjconv to put the protein back into the box and make the protein<br>
whole. The command is like below:<br>trjconv -f 18pTTAD-Taz2-water.gro -s 18pTTAD-Taz2-water.tpr -pbc nojump -center -o 18pTTAD-Taz2-water.cen.gro<br>However several residues still seem out of the box and the protein seem broken. When performing g_rmsf those atoms have large rmsf (7 or 8).<br>
<br>If anyone could have a answer to this problem, I would be very grateful.<br><br>Esteban<br></pre><br clear="all"><br>-- <br>------------------------------------------------------------<br>El porvenir está en los huevos: <a href="http://bobbyybobby.blogspot.com" target="_blank">bobbyybobby.blogspot.com</a><br>
------------------------------------------------------------<br>