<br><br>----- Original Message -----<br>From: bipin.singh@research.iiit.ac.in<br>Date: Sunday, August 1, 2010 17:15<br>Subject: [gmx-users] Query: regarding how to include crystal water of pdb file as TIP4P water molecule<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi all,<br>&gt; <br>&gt; I am facing problem during the grompp step as in the topology file<br>&gt; the crystal water and solvent water molecules added during solvation<br>&gt; of the box are being treated as two different solvent in gromacs and<br>&gt; showing error that the <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; number of coordinates in coordinate file (input.pdb, 32310)<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (input.top, 31578)<br><br><br>This was not the output of the grompp command below, because a filename is wrong. Please be sure you are matching the right files with &nbsp;the right commands with the right output.<br><br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; I have followed following step:<br>&gt; <br>&gt; pdb2gmx -f input.pdb -water tip4p -o input_step1.pdb -p input.top<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; editconf -bt dodecahedron -f input_step1.pdb -o input_step2.pdb -<br>&gt; c -d 0.9<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; genbox -cp input_step2.pdb -cs tip4p.gro -o input_b4em.pdb -p <br>&gt; input.top<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; grompp -f em.mdp -c input_b4em.pdb -p input.top -o input_em.tpr<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I have checked all previous posts but none of them states this <br>&gt; problem explicitly<br>&gt; and i also try all sort of possible ways to include it but i <br>&gt; did'nt got success.<br>&gt; <br>&gt; Please help me to resolve this problem.<br>&gt; <br>&gt; Regards<br>&gt; Bipin<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php