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    <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">
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<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Dear gmx-ers, I have a
question regarding replica exchange and temperature autocorrelation..</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">I want to calculate the
temperature (T) autocorrelation function from a REMD simulation<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">.</font></font><br>
</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Is it ok to “directly”
use g_energy on the .edr files of my trajectory in order to obtain an
.xvg file with T vs. t, and then g_analyze on this .xvg file<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">s</font></font> to
obtain the autocorrelation function? (as one would do on a “standard”
MD without replica exchange) 
</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Or do I need to “demux”
the trajectory files with demux.pl to really monitor each replica in
its temperature “jumps”? But, in this latter case..... the
procedure described in
&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD</a></div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><span style="text-decoration: none;">post-processing
acts on .xtc files<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> (through the use of .log files)</font></font>. </span> The .edr files remain unchanged.
 Am I missing something trivial?....... 
</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">What am i monitoring if i do g_energy + g_analyze on "raw" (not demuxed) .edr files from a REMD simulation?......</font></font><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><br>

</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Many thanks in advance</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">best regards</div>


<div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Elena<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> Molteni<br>
</font></font></div>

</div>

<div> <br>
</div>

<div style="clear: both;"></div>
</font>