<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I forgot to update one thing in a last change before the release.<br>This resulted in a too small PME communication range for DD grids like 1 x Ny x Nz.<br>I committed a fix for the next beta release.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: gmx3@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] v4.5b2 error specifically on 16 cores with npme 6<br>Date: Tue, 3 Aug 2010 09:38:16 +0200<br><br>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">
<style>
.ExternalClass .ecxhmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}

</style>


Hi,<br><br>Yes, please mail me the tpr.<br><br>Also, what is the error message exactly?<br><br>Berk<br><br><hr id="ecxstopSpelling">From: roland@utk.edu<br>Date: Mon, 2 Aug 2010 19:24:11 -0400<br>Subject: Re: [gmx-users] v4.5b2 error specifically on 16 cores with npme 6<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><span class="ecxApple-style-span" style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 12.5px; border-collapse: collapse;">Chris,<div><br></div><div>do you mind to send Berk and me the tpr file (off-list)? There seems to be a problem with the new 2D PME. I probably won't have time to fix it till Thursday though.</div>

<div><br></div><div><font color="#888888">Roland</font></div></span><br><div class="ecxgmail_quote">On Mon, Aug 2, 2010 at 6:12 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca">chris.neale@utoronto.ca</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="ecxgmail_quote" style="padding-left: 1ex;">Dear all:<br>
<br>
I have an explicit solvent peptide-in-bilayer system taht also used the pull-code.<br>
<br>
This system runs fine on 8 cores in a single box with v4.0.7 and 4.5b2. It also runs fine on 16 cores IB for v4.0.7 but not 4.5b2. In the later case, I get an exit from mdrun (see below). I have also attached also the .mdp options. The strange thing is that I can the system run fine on 56 cores IB.<br>


<br>
In table form:<br>
&nbsp;8 cores v4.0.7 &nbsp;ok<br>
&nbsp;8 cores v4.5b2 &nbsp;ok<br>
16 cores v4.0.7 &nbsp;ok<br>
16 cores v4.5b2 &nbsp;&lt;--- failure<br>
56 cores v4.0.7 &nbsp;ok<br>
56 cores v4.5b2 &nbsp;ok<br></blockquote></div>
<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php                                               
<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php                                               </body>
</html>