Here is the mdp using implicit solvent:<br><br><br><br><br>;<br>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>File 'mdout.mdp' was generated<br>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>By user: onbekend (0)<br>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>On host: onbekend<br>;<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>At date: Mon Aug &nbsp;2 18:37:57 2010<br>;<br><br><br>; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS<br>; Preprocessor information: use cpp syntax.<br>; e.g.: -I/home/joe/doe -I/home/mary/roe<br>include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; e.g.: -DI_Want_Cookies -DMe_Too<br>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br><br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md<br>; Start time and timestep in ps<br>tinit &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.001<br>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 50000000<br>; For exact run continuation or redoing part of a run<br>init_step &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>; Part index is updated automatically on checkpointing (keeps files separate)<br>simulation_part &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>; mode for center of mass motion removal<br>; energy calculation and T/P-coupling frequency<br>nstcalcenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -1<br>comm-mode &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Linear<br>; number of steps for center of mass motion removal<br>nstcomm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>; group(s) for center of mass motion removal<br>comm-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br><br><br>; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS<br>; Friction coefficient (amu/ps) and random seed<br>bd-fric &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>ld-seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1993<br><br><br>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS<br>; Force tolerance and initial step-size<br>emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.01<br>; Max number of iterations in relax_shells<br>niter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 20<br>; Step size (ps^2) for minimization of flexible constraints<br>fcstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>; Frequency of steepest descents steps when doing CG<br>nstcgsteep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>nbfgscorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br><br><br>; TEST PARTICLE INSERTION OPTIONS<br>rtpi &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.05<br><br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<br>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 100000<br>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 50000<br>nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>; Output frequency for energies to log file and energy file<br>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 2000<br>; Output frequency and precision for xtc file<br>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 2000<br>xtc_precision &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000<br>; This selects the subset of atoms for the xtc file. You can<br>; select multiple groups. By default all atoms will be written.<br>xtc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; Selection of energy groups<br>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = protein<br><br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>; nblist update frequency<br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>; ns algorithm (simple or grid)<br>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= grid<br>; Periodic boundary conditions: xyz, no, xy<br>pbc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= xyz<br>periodic_molecules &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>; nblist cut-off &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0<br>; long-range cut-off for switched potentials<br>rlistlong &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -1<br><br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>; Method for doing electrostatics<br>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Cut-off<br>rcoulomb-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>; Relative dielectric constant for the medium and the reaction field<br>epsilon_r &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>epsilon_rf &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>; Method for doing Van der Waals<br>vdw-type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Cut-off<br>; cut-off lengths &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>rvdw-switch &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<br>; Apply long range dispersion corrections for Energy and Pressure<br>DispCorr &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No<br>; Extension of the potential lookup tables beyond the cut-off<br>table-extension &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>; Seperate tables between energy group pairs<br>energygrp_table &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<br>fourierspacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.12<br>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used<br>fourier_nx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>fourier_ny &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>fourier_nz &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>; EWALD/PME/PPPM parameters<br>pme_order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4<br>ewald_rtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1e-05<br>ewald_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 3d<br>epsilon_surface &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br><br><br>; IMPLICIT SOLVENT ALGORITHM<br>implicit_solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = GBSA<br><br><br>; GENERALIZED BORN ELECTROSTATICS<br>; Algorithm for calculating Born radii<br>gb_algorithm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Still<br>; Frequency of calculating the Born radii inside rlist<br>nstgbradii &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>; Cutoff for Born radii calculation; the contribution from atoms<br>; between rlist and rgbradii is updated every nstlist steps<br>rgbradii &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>; Dielectric coefficient of the implicit solvent<br>gb_epsilon_solvent &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 80<br>; Salt concentration in M for Generalized Born models<br>gb_saltconc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>; Scaling factors used in the OBC GB model. Default values are OBC(II)<br>gb_obc_alpha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>gb_obc_beta &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.8<br>gb_obc_gamma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4.85<br>gb_dielectric_offset &nbsp; &nbsp; = 0.009<br>sa_algorithm &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No<br>; Surface tension (kJ/mol/nm^2) for the SA (nonpolar surface) part of GBSA<br>; The default value (2.092) corresponds to 0.005 kcal/mol/Angstrom^2.<br>sa_surface_tension &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 2.092<br><br><br>; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<br>; Temperature coupling &nbsp;<br>Tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = V-rescale<br>nsttcouple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -1<br>nh-chain-length &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>; Groups to couple separately<br>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= protein<br>; Time constant (ps) and reference temperature (K)<br>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1<br>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 310<br>; Pressure coupling &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Parrinello-Rahman<br>Pcoupltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic<br>nstpcouple &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -1<br>; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar)<br>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.5<br>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5e-5<br>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0<br>; Scaling of reference coordinates, No, All or COM<br>refcoord_scaling &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = No<br>; Random seed for Andersen thermostat<br>andersen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 815131<br><br><br>; OPTIONS FOR QMMM calculations<br>QMMM &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>; Groups treated Quantum Mechanically<br>QMMM-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; QM method &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>QMmethod &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; QMMM scheme &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>QMMMscheme &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = normal<br>; QM basisset &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>QMbasis &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; QM charge &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>QMcharge &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; QM multiplicity &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>QMmult &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; Surface Hopping &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>SH &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; CAS space options &nbsp; &nbsp;&nbsp;<br>CASorbitals &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>CASelectrons &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>SAon &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>SAoff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>SAsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; Scale factor for MM charges<br>MMChargeScaleFactor &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1<br>; Optimization of QM subsystem<br>bOPT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>bTS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br><br><br>; SIMULATED ANNEALING &nbsp;<br>; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)<br>annealing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; Number of time points to use for specifying annealing in each group<br>annealing_npoints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>; List of times at the annealing points for each group<br>annealing_time &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; Temp. at each annealing point, for each group.<br>annealing_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br><br><br>; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<br>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes<br>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 310.0<br>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = -1<br><br><br>; OPTIONS FOR BONDS &nbsp; &nbsp;<br>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= all-bonds<br>; Type of constraint algorithm<br>constraint-algorithm &nbsp; &nbsp; = Lincs<br>; Do not constrain the start configuration<br>continuation &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br>; Use successive overrelaxation to reduce the number of shake iterations<br>Shake-SOR &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>; Relative tolerance of shake<br>shake-tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0001<br>; Highest order in the expansion of the constraint coupling matrix<br>lincs-order &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4<br>; Number of iterations in the final step of LINCS. 1 is fine for<br>; normal simulations, but use 2 to conserve energy in NVE runs.<br>; For energy minimization with constraints it should be 4 to 8.<br>lincs-iter &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<br>; Lincs will write a warning to the stderr if in one step a bond<br>; rotates over more degrees than<br>lincs-warnangle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 30<br>; Convert harmonic bonds to morse potentials<br>morse &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br><br><br>; ENERGY GROUP EXCLUSIONS<br>; Pairs of energy groups for which all non-bonded interactions are excluded<br>energygrp_excl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br><br><br>; WALLS &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald<br>nwall &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>wall_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 9-3<br>wall_r_linpot &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -1<br>wall_atomtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>wall_density &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>wall_ewald_zfac &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 3<br><br><br>; COM PULLING &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force<br>pull &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<br><br><br>; NMR refinement stuff&nbsp;<br>; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble<br>disre &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= No<br>; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal<br>disre-weighting &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Conservative<br>; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation<br>disre-mixed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>disre-fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br>disre-tau &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>; Output frequency for pair distances to energy file<br>nstdisreout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 100<br>; Orientation restraints: No or Yes<br>orire &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>; Orientation restraints force constant and tau for time averaging<br>orire-fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>orire-tau &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>orire-fitgrp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>; Output frequency for trace(SD) and S to energy file<br>nstorireout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 100<br>; Dihedral angle restraints: No or Yes<br>dihre &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>dihre-fc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<br><br><br>; Free energy control stuff<br>free-energy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br>init-lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>delta-lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>foreign_lambda &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>sc-alpha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>sc-power &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>sc-sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.3<br>nstdhdl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10<br>dh_table_size &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>dh_table_spacing &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.1<br>couple-moltype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>couple-lambda0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = vdw-q<br>couple-lambda1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = vdw-q<br>couple-intramol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= no<br><br><br>; Non-equilibrium MD stuff<br>acc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>accelerate &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>freezegrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>freezedim &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>cos-acceleration &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>deform &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br><br><br>; Electric fields &nbsp; &nbsp; &nbsp;<br>; Format is number of terms (int) and for all terms an amplitude (real)<br>; and a phase angle (real)<br>E-x &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>E-xt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>E-y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>E-yt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>E-z &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;<br>E-zt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br><br><br>; User defined thingies<br>user1-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>user2-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;<br>userint1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>userint2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>userint3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>userint4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<br>userreal1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>userreal2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>userreal3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br>userreal4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0<br><br><br> Elio Cino<br>