<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
No, the program is not mdrun.<br><br>mdrun writes a trr file will full precision binary x, v and f.<br>You can use another tool on this output trr to print the information.<br>There is gmxdump which does a dump (not full double precision currently) in an incovenient format.<br>I guess trjconv would be the most convenient program, it currently supports many output formats<br>but none with more than 9 decimals (g96 has the most decimals, I believe).<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 3 Aug 2010 15:29:32 +0300<br>From: InonShar@TAU.ac.IL<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: Re: [gmx-users] Precision in trajectory file<br><br>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">
  
  <title></title>


Thanks for both replies.<br>
<br>
I would like the trajectory information (i.e. positions and velocities)
as well as forces (which, as I understand it, can also be printed to
the same trajectory file) to be output with a larger (user defined?)
precision. I think the "program" which should do this is mdrun. <br>
I also noticed a function call for "write_traj" in the /src/kernel/md.c
file. I also looked in static.c as well as trnio.c and could not find
what I was looking for (an fprintf line which prints formated
coordinates to trajectory file, and specifies the precision of that
format).<br>
<br>
Inon.<br>
<br>
On 08/03/2010 03:10 PM, Berk Hess wrote:
<blockquote cite="mid:COL113-W450D756F5D75868DF479338EAE0@phx.gbl">
  <style>
.ExternalClass .ecxhmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}

</style>Hi,<br>
  <br>
Which program do want to print more digits?<br>
  <br>
PS please don't double post the same question on gmx-developers and
gmx-users.<br>
  <br>
Berk<br>
  <br>
&gt; Date: Tue, 3 Aug 2010 13:26:44 +0200<br>
&gt; From: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a><br>
&gt; To: <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; Subject: Re: [gmx-users] Precision in trajectory file<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; The number of digits in .gro( or .pdb) is crudely fixed because of
the<br>
&gt; format. Otherwise, it cannot be recognized by other softwares,
like VMD.<br>
&gt; <br>
&gt; For the .trr files, I guess, if you are indeed running
double-precision<br>
&gt; GMX, the leap-frog integrator is using double-precision
coordinates, but<br>
&gt; the printed value in .trr is also truncated due to the format
problem.<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; Inon Sharony wrote:<br>
&gt; &gt; Good afternoon!<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; It seems to me that although I'm running a double-precision<br>
&gt; &gt; installation of GROMACS, the printout to file (of the
positions and<br>
&gt; &gt; velocities) is of much less precision. i.e. the computation
is done on<br>
&gt; &gt; numbers with something like 16 significant digits, but the
last 10 of<br>
&gt; &gt; those are simply truncated and lost (e.g. positions are given
in<br>
&gt; &gt; single-precision as 0.000 nm, and in double-precision as
0.00000 nm).<br>
&gt; &gt; Since I've already spent computation time at getting
double-precision,<br>
&gt; &gt; I'd like to make use of all of it -- for my own reasons. I
already<br>
&gt; &gt; searched the manuals, mailing lists and source code for
instruction<br>
&gt; &gt; but didn't find any.<br>
&gt; &gt; Could you please tell me how I can change the number of
digits printed<br>
&gt; &gt; out (e.g. to the .trr file)? I'm looking for a more elegant
solution<br>
&gt; &gt; than adding a printf line to the source code. Something along
the<br>
&gt; &gt; lines of changing the format of numbers in the function that
prints to<br>
&gt; &gt; .trr .<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Thanks in advance!<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; <br>
&gt; -- <br>
&gt; gmx-users mailing list <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before
posting!<br>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
&gt; www interface or send it to <a class="ecxmoz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can't post? Read <a class="ecxmoz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<pre class="ecxmoz-signature">-- <br>Inon Sharony<br>ינון שרוני<br>972-3-6407634<br>Please consider your environmental responsibility before printing this e-mail.<br></pre>


<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php                                               </body>
</html>