And the simulation is for 100ns.<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 3, 2010 at 10:17 AM, Nimesh Jain <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nimeshjain2010@u.northwestern.edu">nimeshjain2010@u.northwestern.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">mdrun command I am using: (I have a shell script that adds jobs on the server) Following are the contents of that:<br>
<br>#!/bin/bash<br>#<br>#$ -cwd<br>#$ -j y<br>#$ -S /bin/bash<br>#$ -pe mpi 8<br><br>echo $TMP &gt; info1<br>
<br>unset SGE_ROOT<br><br>cp $TMP/machines .<br><br>MPI_DIR=/opt/openmpi/<br><br>$MPI_DIR/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $PWD/machines \<br>    /share/apps/gromacs-4.0.5/bin/mdrun_mpi \<br>    -s topol_.tpr -multi 8 -pd replex 1000000<br>

<br><br>Thanks,<br><font color="#888888">Nimesh</font><div><div></div><div class="h5"><br><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 3, 2010 at 10:11 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div>On 2010-08-03 17.08, Nimesh Jain wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I am doing a replica exchange simulation with 8 replicas. I was looking<br>
at my data and I observed that a couple of replicas are around 10 and 20<br>
ns ahead of everything else. Is it normal or is this wrong ?<br>
Please let me know.<br>
<br>
Thanks,<br>
Nimesh<br>
<br>
</blockquote></div></div>
What frequency of exchange do you use?<br>
Please give mdrun command line<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Nimesh Jain<br>Graduate Student<br>Biomedical Engineering<br>Northwestern University<br>