<br><br>----- Original Message -----<br>From: elena.mol@mail.com<br>Date: Tuesday, August 3, 2010 0:55<br>Subject: [gmx-users] REMD and T autocorrelation<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font color="black" face="arial" size="2"> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">     <title></title>     <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">     <style type="text/css">     <!--                 @page { size: 8.5in 11in; margin: 0.79in }                 P { margin-bottom: 0.08in }         -->     </style>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify">Dear gmx-ers, I have a question regarding replica exchange and temperature autocorrelation..</div>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I want to calculate the temperature (T) autocorrelation function from a REMD simulation<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">.</font></font><br><br>OK, so do you want T autocorrelation of trajectories of constant index, or constant ensemble? The former requires a demux.<br><br> </div>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is it ok to “directly” use g_energy on the .edr files of my trajectory in order to obtain an .xvg file with T vs. t, and then g_analyze on this .xvg file<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif">s</font></font> to obtain the autocorrelation function? (as one would do on a “standard” MD without replica exchange)  </div>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Or do I need to “demux” the trajectory files with demux.pl to really monitor each replica in its temperature “jumps”? But, in this latter case..... the procedure described in &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD" target="1">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD</a></div>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><span style="text-decoration: none;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>post-processing acts on .xtc files<font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"> (through the use of .log files)</font></font>. </span> The .edr files remain unchanged.  Am I missing something trivial?.......  </div>   <div style="margin-bottom: 0in;" align="justify"><font size="2"><font face="Arial, Helvetica, sans-serif"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>What am i monitoring if i do g_energy + g_analyze on "raw" (not demuxed) .edr files from a REMD simulation?......</font></font><br></div></div></font><br>demux.pl writes an index file that trjcat can use to demux, however eneconv does not have the same functionality available, unfortunately. I'd guess that it shouldn't be hard to implement...<br><br>Mark